除了武宗之外，世宗的配享功臣，也是爭論的焦點，朱載坖和內閣之前擬定的是張璁，但是不少的官員們都上疏要求將楊一清也列入配享名單之中，楊一清當然也是頗有功勞，博學善權變，為政通練，尤曉暢邊務，曾一夕佔十疏，悉中機宜，但是朱載坖認為楊一清主意是在武宗朝活動的，並不是世宗朝的重臣，所以朱載坖認為楊一清還是罷配享之議。

朱載坖等人將大體的名單確定之後，就談到了一個事情，就是大明的祠祭體制問題，朱載坖即位以來，陸續建立了憫忠祠、賢良祠等祠祭，以祭奠為國犧牲計程車卒官佐和朝廷的忠良官吏，這次藉由高拱的身後事，完善了功臣配享制度，但是朱載坖認為，大明還是要缺乏一整套國家的祠祭體系。

朱載坖準備藉由此事在大明建立起一整套的祠祭體系來。大明原本在禮部確實有祠祭司，按照朝廷制度，祠祭司的職能：“分掌諸祀典及天文、國恤、廟諱之事。凡祭有三，曰天神、地只、人鬼。辨其大祀、中祀、小祀而敬供之。飭其壇壝、祠廟、陵寢而數省閱之。蠲其牢醴、玉帛、粢羹、水陸瘞燎之品，第其配侑、從食、功德之上下而秩舉之。天下神只在祀典者，則稽諸令甲，播之有司，以時謹其祀事。督日官頒曆象於天下。日月交食，移內外諸司救護。有災異即奏聞，甚者乞祭告修省。凡喪葬、祭祀，貴賤有等，皆定其程則而頒行之。”

但是大明禮部的祠祭司所管轄的範圍實在是過於寬泛了，而且對於文武官員們沒有足夠的祠祭激勵體制，朱載坖認為是不對的。

朱載坖說道：“明賞罰以示勸導，此則祠祭之用也。賞罰者，國之大權，人君操賞罰之權以御天下，一主於至公，故有功者雖所憎必賞，有罪者雖所愛必罰，賞以當功上不為德，罰以當罪下不敢怨，不以小嫌而妨大政，不以私意而害至公，庶有以服天下之心。”

朱載坖認為要將之前的旌表、卹典與祠祭結合到一起，形成一整套激勵、表彰官員的體系，以起到祠祭的勸導作用，用以整頓官場的學校的風氣，大明對於諡號的控制還是比較嚴格的，按照禮部所制定的規則：“文武大臣請諡，禮部取旨，行吏兵部考實績。禮部定三等，行業俱優者為上，頗可者為中，行實無取者為下，送翰林院擬諡。有應諡而未得者，撫、按、科道官以聞。”

同時還有卹典，也有很嚴格的管理制度，但是朱載坖認為，這種管理制度很多的時候是根據品級來的，過於死板，如有關卹典的規定是：“其特恩，如侍從必日侍講讀、軍功必躬履行陣、東宮官必出閣講授有勞者。據嘉靖中事例，祭葬加一等，無祭者與祭一罈，無葬者給半葬，半葬者給全葬。講讀官五品本身有祭，四品及父母，三品及妻。軍功四品得祭葬，三品未滿及父母。講讀年久、啟沃功多、軍旅身殲、勳勞茂著者，恩恤加厚，臨期請旨。”

大明現在的卹典，主要是根據品級，而非是功績來的，朝廷要加強對於旌表、卹典、祠祭的管理，形成一整套的管理體系，現在的禮部祠祭司顯然不足以勝任此事。

朱載坖認為將這些職能轉移給太常寺，同時將憫忠祠、賢良祠等一應祠祭、功臣廟等都交由太常寺管理，同時提高太常寺的地位，以禮部右侍郎兼太常寺卿，專門負責管理這些祠祭，同時擴大祠祭的範圍，凡是死於國事者，不分官民品級，士卒百姓，都要入祀憫忠祠，由朝廷予以緝私，官員有治績、有德行者，經禮部提請，亦可以入祀賢良祠，這樣的，充分發揮祠祭的勸導作用，鼓勵官員們忠勤王事。

朱載坖將此事交給了申時行負責，要求申時行擬定詳細的條款，將祠祭予以規範化。

而徐學謨回去之後，也以禮部尚書的名義向朱載坖上疏，認為王守仁就不必配享太廟了，同時朱載坖召見錦衣親軍都指揮使陸繹，命令他以扇惑人心、妄議朝政為罪名，緝捕何心隱、顏山農等所謂的大俠，朱載坖倒是想要知道，是這些大俠厲害，還是廠衛的番役緹騎厲害，但是朱載坖也命令陸繹，要好生對待這些人，千萬要將他們或者送入京師，否則的話，將會引起軒然大波的，到時候朱載坖都不好保他。

徐學謨的奏疏上來之後，朱載坖隨即就將徐學謨的奏疏下閣部商議，徐學謨在奏疏中認為，王守仁已經入祀孔廟了，在配享太廟，顯然是於理不合，要麼以功臣身份配享太廟，要麼以儒學宗師身份入祀孔廟，不能同時入祀，因為太廟和孔廟都是大明最尊榮的祠祭，王守仁一人獨享，是從未有過的事情，再加上現在王守仁已經入祀孔廟，將其撤出顯然不妥，所以徐學謨的意思是罷配享之議，而存入祀之禮。

徐學謨以大宗伯的身份上疏，份量是很重的，首輔張居正也立即上疏予以支援，張居正在奏疏中說道：“曠典不可以不重，祠祭必得以專一。”

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