在外放這些翰林官之後，朝廷還從符合條件的地方和各部院寺監官員中考選了一批翰林官，充任庶吉士，在翰林院學習之後準備外放。

然後就是對六部堂官的調整，原任戶部尚書鄢懋卿以老病請辭，朱載坖予以準允，加鄢懋卿太子太保、光祿大夫，賜馳驛遣錦衣校尉護送回鄉，朱載坖任命王國光為戶部尚書，楊俊民以戶部左侍郎總理鹽政，張學顏加戶部尚書銜總督倉場兼司農寺卿，原任南京戶部尚書宋纁為提督稅務總署，原任右都御史梁夢龍升戶部尚書提督海關總署。

朱載坖對於禮部尚書陸樹聲早就極為不滿了，之前因為譚綸的事情，朱載坖就對他比較反感，所以這次鄢懋卿致仕，朱載坖藉機將陸樹聲予以罷免，選任原南京禮部左侍郎徐學謨為禮部尚書。

同時調原提督流外銓選院吏部左侍郎陸光祖回部管事，以原南京右都御史楊巍為吏部左侍郎提督流外銓選院。

宣大總督鄭洛調刑部尚書提督巡檢總署，原兵部左侍郎吳兌加兵部尚書銜總督宣大。

除了六部之外，還有就是閣臣的選任，原任武英殿大學士陳以勤、文淵閣大學士呂調陽，以老病請辭，朱載坖都予以準允，加恩於他們的子孫，尤其是陳以勤之子陳於陛，加翰林學士，兼任國史副總裁，繼續其父修史之事。

這樣一來內閣的人手就不足了，雖然張居正很想當鐵人，但是現在內閣只有三個人，張居正、張四維、潘晟，張四維還出鎮南京，實際上只有兩人辦公，內閣顯然是吃不消的，張居正之前就上疏請求增補閣臣，朱載坖也予以同意了，朱載坖下旨，原翰林學士、右副都御史巡撫順天申時行，改任禮部左侍郎、東閣大學士，入閣預機務。

但是張居正還是認為內閣缺人，現在內閣幹活的只有三個人，朱載坖一旦東巡的話，就只剩下兩個人幹活，張居正認為最少還是要增補一名閣臣才行。

朱載坖於是下令廷推，廷推禮部左侍郎于慎行和吏部右侍郎餘有丁兩人，朱載坖最後圈定餘有丁入閣，朱載坖選擇餘有丁是有深意的，現在內閣五個人，張四維雖然是次輔，但是出鎮南京，實際在內閣幹活的就四個，張居正和他的死黨潘晟，再加上新入閣的兩個同科，嘉靖四十一年的狀元申時行和探花餘有丁，不僅僅是新老搭配，更是一種權力制衡。

朱載坖信重張居正，要維護他的首輔尊嚴，但是作為皇帝，同樣要在內閣當然安排自己的人，所以朱載坖選了申時行和餘有丁這兩人入閣，他們兩人性格都相對比較溫和，不容易和張居正起衝突，但是做事沉穩，尤其是申時行，還是頗有手腕的。

除了京師之外，對於地方重臣，也要予以調整，原右都御史總督浙直楊繼盛，回朝擔任右都御史，原南直隸巡撫沈煉接任，同時調山東巡撫吳百朋為南直巡撫，曹國公李庭竹病重，罷提督薊遼大寧等處軍務事，回京休養，調原提督宣大軍務黑春擔任提督薊遼大寧軍務，原任大同總兵郭琥升任提督宣大軍務事。

原任宣府鎮總兵，英國公張元功回京，任京衛都指揮使，原京衛都指揮使嚴紹庭，調遼東總兵官，朱載坖經過一連串人事任免，對於朝廷的重要崗位予以輪換，同時還確定了隨駕的人選，首輔張居正、武英殿大學士潘晟、東閣大學士餘有丁留守京師，東閣大學士申時行隨駕。

重臣方面，總督倉場戶部尚書張學顏、工部尚書嚴世蕃、吏部左侍郎陸光祖、兵部左侍郎吳兌、右都御史楊繼盛、英國公張元功、蓬萊侯戚繼光、恭順侯吳繼爵、武定侯郭大乾等一干重臣隨駕。

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