朱載坖的要求是很簡單的，就是朝廷必須加強在西南的統治，有步驟的削弱這些土司的實力，使得他們的不能對朝廷構成威脅，圍繞此事，大明朝廷各部院展開了討論。

首先上疏的是左都御史海瑞，海瑞是有著豐富的地方行政經驗的，他在奏疏中認為：“募耕墾以資粒食，懸賞格以廣招徠，戮訛匿以定煩囂，差遣以絕需索，清郵遞以節虛費。”就是要對人口、賦稅、錢糧予以清查，同時要對於貴州的土司進行甄別，對於忠於朝廷的土司和附和楊應龍的土司要予以分門別類的處理。

海瑞在奏疏中說道：“環黔皆苗，安能盡殺？御以威信，總是良民。況六衛腴土盡多，全賴此輩耕墾，土司忠義亦盡有人。”

尤其是要約束官軍，不能大開殺戒，官軍在戰場掌握絕對主動權後，還有將領不分順逆，隨意殺害百姓，殺良冒功。這種殺戮進一步惡化了貴州民族團結與地方穩定，嚴重掣肘了人口的發展和社會經濟的恢復。

戶部尚書鄢懋卿也上疏認為：“馭蠻夷之道 ，惟當安近以來遠，不可因惡以累善，非實在左驗，不宜捕戮。”對於這些土司，要予以甄別，一方面維護了忠順土司的利益，拉攏在態度上猶豫、搖擺的土司；一方面打擊和削弱反叛勢力和，以儆效尤。

同時推行分土世官的制度，將這些土司的力量予以分散，分土世官由分土世守和分官世職兩部分組成。分土世守即是將宣慰司土地抵作軍餉和賞銀，分給有功官兵世代耕種；歸順的夷目漢把所擁有的私土，仍由其自行耕種。分官世職則是對有功將士，根據軍功授與官職，歸順的夷目漢把，在量土授職的基礎上，結合其在地方上的影響力，以及在朝廷平叛期間的表現，授與相應的流官職位，可世代承襲。

這樣一方面將大土司的力量予以削弱，另外將部分將士就地安置，增加朝廷的貴州的力量，團結大部分的中小土司，先將大土司變成中小土司，降低朝廷改土歸流的難度，就是將分土世官作為朝廷改土歸流的前置程式，這樣可以降低改土歸流的難度。

對於仍舊不恭順的土司，那就只有採取軍事打擊的手段了，兵部尚書汪道昆上疏到：“各夷致起叛目之釁，穴鬥不休。一旦夭亡，天實絕之，當夷運告終，機會可乘之日，即迅發一旅犂庭掃穴，以除積惡而快公忿，似亦機勢之可乘。”對於那些敢於造反作亂的土司，朝廷就要堅決予以打擊，將其剿滅，然後設定州縣，予以鎮壓。朝廷的目的就是始終團結大多數的中小土司，打擊大土司，一步步的削弱這些土司的力量，最終實現改土歸流。

對於土司，要採取不同的處理辦法，對於作亂的播州，自然是要毫不留情的予以打擊，堅決實施改土歸流，以變夷俗，同時大置衛所，添設兵備，以期實現俟二三年間，田均食足，兵治民安，政教修舉，遠近懷柔的局面。

而對於貴州的其他土司，則要根據他們的勢力強大與否，對朝廷的態度，和在這次剿除楊應龍中的表現，作為朝廷處置的依據。

除此之外，朝廷要做的就是加強在貴州的實力，只要朝廷的實力強大了，這些土司才會心甘情願的歸附於朝廷，不敢作亂，從而為朝廷推動改土歸流創造條件。

兵部具折上疏稱：“邊鄙雖安，不可忘戰。制夷之法，必先內固。有兵無城，則防禦不固；建城不廣，則授應無資。黔中地瘠無糧，不難於無險可據，而難於鮮戍守之卒。然事屯築，據肥饒，而又以威信撫御，誠治荒服之要策也。”

朝廷要在貴州大修城堡，以控制貴州，同時官軍控制交通要道，將這些土司割裂開來，使得他們互相不能呼應，即便是作亂，也很難做大，經過練兵軍務處、五軍都督府和兵部的會商之後，認為在平播之後，建城36座，改建城樓1座，展拓城樓2座，完固城樓3座；新建石堡4座，以達到“分之則棋佈星羅，成犄角之勢；合之則聲勢相倚，為指臂之用。或扼要建城，以通衛路往來；又或距險多建城垣，以制賊苗出沒。”

。之隸以哨三絞凹、橋索小、佐扎設另，之隸所戶千四粟烏、莊九、場虎、廣六設衛勇敷在。所戶千守隸直一設各烽息、旗王鐵在，衛一設各勇敷、池鴨在，江烏至起岔三從，制控的州貴於對廷朝強加，所衛設增下司都州貴在，所衛佈廣時同，制控的們他於對廷朝強加，圍範管直的司政布州貴納目夷眾將將要還，策政世土分施實了為，時同

。哨個51、所戶千屬衛個 8、所戶千隸直個2、司使揮指衛個2 設共岸河廣六沿，江烏至起岔三從，盤地的司土西水多很有還，州播括包僅不所衛的設新，來說的總。之隸以哨四科開、邦落、渡家明、江烏設所戶千守隸直烽息。之隸哨五底架、義蔣、化、窩下、京山設所戶千守隸直旗王鐵。之隸以哨三城麥、橋家安、房百七設另，之隸所四平樂、乾、隴箕簸、橋索大設衛池鴨

。安久治長的州貴障保，的目重三的商通、夷馭、蜀滇聯到達期以，哨所衛建大過，衛兩水赤、節畢強加，站驛復修時同

。賜賞予給樣一廷朝，城獻以龍應楊殺司土和姓百的州播勵鼓，格賞出釋，逆首干一等龍應楊對，三第；示表確明須必，廷朝向心是還逆附賊從是，度態明表司土各州貴求要，二第；功冒良殺嚴，繳徵予不就軍，明大順歸夠能要只者逆附，龍應楊剿只廷朝，紀軍明嚴，一第，諭上達下次再軍大播平向時同，疏奏的關相了准批坖載朱

。滅剿以予，逆附同視都，的孫子氏楊匿藏於敢何任，族闔戮誅要必務，氏楊於對，祚昌沐、錦趙令嚴時同