朱載坖當然很清楚，漕運干係甚大，不僅僅是他們口中的百萬漕工衣食所繫，還有這麼多年以來漕運的積弊，朱載坖知道這其中的利害關係，正是因為知道這其中的利害關係，朱載坖才要去大力整頓漕運，若是朱載坖加上張居正都不能夠將漕運予以整頓的話，朱翊釴恐怕就更不行了，所以此事一定要在朱載坖的手上做成，這是朱載坖和張居正多次商量之後所達成的共識，必須嚴厲整頓漕運，將漕運的積弊予以消除。
而漕運中積弊最深的就是沿運河設定的這些水次倉，水次倉從北到南進行分佈，主要有北直隸的天津倉，山東布政司的德州倉、 臨清倉，南直隸的徐州倉以及淮安倉。水次倉則是負責各地稅糧的暫存及轉運，水次倉所轉運的糧食用於解運到京通倉，可謂是大明的國本，對於此事，不管是朱載坖還是張居正都是極為重視的。
所以在朱載坖、張居正的支援下，王國光親赴各水次倉檢查，其實朝廷這次對於水次倉的檢查，目的是很明確的，就是打擊私兌，私兌最嚴重的就是蘇松等處，江南蘇州、松江、嘉興、湖州為漕賦重地，納糧大戶皆勢力豪強，熟識大戶為了逃避徭役而尋求其庇佑，投靠其門下，他們常常不將漕糧交到水次倉，而是要求運軍到他們所設立的私倉去兌運糧食。
他們為什麼要這麼做？這些人將漕糧私貯家中，不納官倉，逼迫衛所官軍分散到各戶收兌漕糧，衛所旗軍收兌漕糧無異於挨家挨戶沿門持缽，稱苦不堪。因為這樣做對他們來說有巨大的利益。
因為這樣做，糧長大戶可以私自收取輕齎銀，經營花費，一直到五六月才匆忙買米，摻和沙水糠谷，不納官倉，免於曬揚篩選查驗漕糧，逼迫運軍就船交兌，這樣運軍收到的漕糧質量腐爛，不符合朝廷“幹潔圓新”等要求，便要由運軍賠補漕糧，而他們則將百姓上交上來的好糧食予以倒賣，從中賺取差價。
之前潘季馴總督漕運的時候，就曾經上疏陳述過此事，潘季馴在奏疏中稱：“糧長大戶既不曬揚幹潔，反又插和糠水，百計留難，官軍畏懼，違限比較問罪， 只得屈兌上船，沿途蒸折，臨倉虧欠，負累包賠，不勝困極。”
這就導致在京通倉接收漕糧時，蘇松等地的漕糧反而是最糟糕的，之前王國光在檢查各地轉運而來的漕糧之後就曾經上疏說過：“夫蘇州，視他郡不同，人多豪右，米最濫惡，軍怵於執捲舌束手莫敢誰何。其赴蘇州，若投火井，是故有僉甲時逃且自盡者，有中途而逃者，有抵京掛欠而逃者。”
而其實這種情況的原因是滿朝皆知的，徐階當首輔的時候，就知道這個問題，他曾經就說過：“江南權勢之家，糧至數百千石以上，不早入倉，有司因使之自運，不領於糧長，初亦甚便。今則緣此多摻糠秕，強軍私兌，不足則計戶科斂以充之。”
他也是很清楚漕運中的弊端的，這些東西，其實滿朝上下，但凡有些見識的官員都是清楚的，但是要處理起來，就十分麻煩了，豪強地主、漕幫運軍、倉場官吏，各種勢力盤根錯節，難以對付，所以雖然不斷有官員們上疏極言漕運之弊，但是很多閣臣的想法都是因循苟且，抱著再苦一苦百姓，罵名皇帝來擔的想法繼續這麼下去。
之前高拱擔任首輔的時候就有心整頓漕運，但是由於當時的情況不允許，朱載坖僅僅只是收拾了京通倉的一幫小吏就罷手了，現在朱載坖總算將蒙古人按下來了，北方的威脅解除了之後，朱載坖就騰出手來收拾這幫趴在運河吸血的水蛭了。
王國光受命之後立即出京，首先巡視的就是天津的水次倉，這裡主要囤積的是海運的糧食，主要是東南和暹羅、緬甸來的糧食，王國光巡視並且清點了之後，向朱載坖奏報，天津水次倉的糧食情況相對比較好，糧食的質量也好，雖然也有賬目短少的情況，但是數目並不大。
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