對於大明的邊防策略，朱載坖決意恢復洪武時的策略，即“北虜乘時入寇，宜堅壁清野以待之，慎勿與戰，使其進無所得，退有後慮，伏兵阻險，扼其歸路，虜必可坐致矣。”

對於北虜，要以消滅北虜的有生力量為主，只要北虜沒有足夠的人力，對於大明是無法造成威脅。對於今後的北部邊防，朱載坖認為，要在穩固防守基礎上的主動進攻，以主動進攻所獲取的成果進一步鞏固防守。

在朱載坖命令練兵軍務處處理這些事情的時候，戚繼光的戰報和派往雲川衛的翰林醫官的奏疏也已經抵達了京師，對於大明再次戰勝蒙古人，京師的官員百姓反倒沒有之前那麼興奮，有些習以為常了，不過真正令朱載坖感到擔憂的，是翰林醫官從雲川衛發回的奏疏。

根據翰林醫官的診斷，馬芳已經是到了油盡燈枯，迴天無術的境地了，儘管派去的翰林醫官想盡辦法，但是仍舊只是拖延時間罷了，所以翰林醫官們向朱載坖彙報此事，請求朱載坖和朝廷早做準備，朱載坖於是叫來了陳矩，命令他立刻準備和馬芳的次子馬林一道趕赴雲川衛，朱載坖讓陳矩作為欽差，詢問馬芳還有什麼心願。

同時朱載坖釋出上諭，令徵虜副將軍蓬萊侯戚繼光護徵虜大將軍印，統率大軍班師，同時馬芳在太醫的護送下從雲川衛返回大明。

而由於戚繼光和馬芳在土默特殲滅了鄂爾多斯部的主力，李成梁在河套清剿蒙古部落的行動就相對比較順利，現在李成梁已經基本將鄂爾多斯部的殘部驅逐出河套，同時開始沿黃河修築邊堡，與東勝衛連線到一起，先形成一道邊防線，再逐步構建縱深的防禦。

之前朱載坖命令對黃臺吉加以招撫之後，黃臺吉向大明表示臣服，請求大明予以調停，朱載坖隨即命令禮部和理藩院，向順義王不他失禮下達命令，以大明的名義調停此事，大明明面上的理由是不忍見不他失禮、黃臺吉兄弟鬩牆，但是其實大家都很清楚，就是不願不他失禮在土默特內部一家獨大。

大明朝廷親自下場調停，儘管三娘子有很多不滿意的，但是她也不敢說和大明直接對抗，她只能以順義王的名義向大明上疏，請求朝廷在劃分住牧地的時候能夠儘可能的傾向於土默特部，對於三娘子的上疏，朱載坖當即予以御批，表示肯定會優先滿足三娘子的要求。

同時朱載坖以大明皇帝的名義賜予順義王冠服、經書、茶葉等物品，李皇后以皇后名義賜予三娘子服飾、錦緞等物品，朱載坖還特地釋出詔書，冊封三娘子為忠順夫人，權同處分土默特部事務，賜予印信，以朝廷的名義承認在不他失禮成年前由三娘子行使順義王的權力，代為管理土默特部。

朱載坖命令兵部、禮部、理藩院和三娘子、把漢那吉、黃臺吉的使者一道坐下來商量，在大明的調停之下重新劃分自己的住牧地，朱載坖對於這次大明的調停還是很重視，親自召見了相關部院的堂官，朱載坖的要求很簡單，首先就是要保證大明的利益，所謂大明的利益，就是大明之前放棄的一些衛所、據點等，這次要予以全部恢復，這點是不能動搖的，如果蒙古人不答應，就打到他們答應為止。

第二就是賞罰要分明，這次把漢那吉和三娘子是和大明朝廷站在一起的，所以大明必須要予以獎勵，不管大明要怎麼制衡土默特內部的各種勢力，但是對於這次的事情來說，大明肯定是要先做到賞罰分明的，對於三娘子和把漢那吉的利益，肯定是要優先保證的。

朱載坖認為，要從黃臺吉的住牧地中割除一大部分，分給三娘子和把漢那吉，第一是作為大明恢復塞外衛所的補償，第二是作為對於三娘子和把漢那吉投效大明的獎勵。

而對於黃臺吉，剝奪他現有的住牧地當然是一種懲罰，懲罰他對於大明的不恭順，同時還要利用黃臺吉，在剝奪了他現有的住牧地之後，大明將原本大寧邊外朵顏三衛的住牧地賜予了黃臺吉，讓黃臺吉東遷到大寧那邊去，一來是透過黃臺吉繼續擠壓朵顏三衛的空間，使得黃臺吉成為大明邊外的藩籬，二來用大寧、遼東兩鎮看住黃臺吉，不使他再有作亂的機會。

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