經過張守直、劉體乾和海瑞等人督率戶部、都察院、少府監，詳細清點，逐一辨認之後，假銀和成色不足的白銀共有十七萬兩之多，無疑為這次太倉被盜案增加損失，不少人認為這是此案的案中案，但是朱載坖並不這麼認為。

朱載坖召集了內閣輔臣、戶部尚書劉體乾、少府卿張守直、刑部尚書洪朝選、戶部左侍郎提督鈔關鄢懋卿、戶部左侍郎總理鹽政王國光、左都御史海瑞、大理寺卿趙錦、錦衣親軍都指揮使陸繹和太子朱翊釴，商量此案。

現在的問題是戶部假銀案和太倉盜銀是什麼關係，劉體乾等人認為是案中案，陸繹、洪朝選等人認為是案外案，朱載坖一樣也認為這是案中案，就現在的證據來看，假銀案中當然有部分是由老庫的庫丁乾的，因為用假銀掉包了老庫木鞘中的存銀，這種手法確實是很像盜銀案的手法，確實很有可能的就是同一夥人所為。

但是外庫的銀兩呢？按理說他們已經在老庫盜銀了，再去朝廷監管嚴密的外庫盜銀或者調換銀兩，風險未免過大了一點，朱載坖認為這不像是同一夥乾的。

刑部尚書洪朝選和緹帥陸繹也認為應該同時存在兩個侵吞官銀的團伙，從目前太倉發現的假銀來看，主要存在兩個特點，第一就是零散，假銀的分佈非常之零散，外庫、老庫，各年份、各省解來的銀兩混雜在一起。

這就足以說明一個問題，就是這些銀兩不是在進入太倉之前被掉包的，因為在驗收外省解京銀兩的過程中，除了成色驗收，還有一項重要的程式是對銀鞘進行“劈兌”。劈兌之前，由戶部知照工部，約定某一時間由工部派匠役劈開木鞘，以檢驗銀兩。

戶部對於各地和海關、鹽稅等衙門解來的銀兩是逐個檢驗的，如果說假銀是在進入太倉之前就存在的話，這些假銀應該是固定的在某些年份和某些省份出現的，而且要是這個造假的人有把握能夠搞定戶部負責驗收的官吏的話，絕不會這麼東一錠西一錠去造假的。

所以洪朝選和陸繹都認為，問題肯定還是出在戶部內部，盜老庫銀的這夥人肯定也幹了調換假銀的事情，但是肯定也另有一夥人在外庫調換假銀。

洪朝選就指出，從嘉靖八年之後，各地解納太倉庫的白銀都要傾銷成錠並在其上刻記年月及官吏銀匠姓名，而太倉中的假銀卻沒有這些，而且形制不一，顯然是從外間帶入太倉用以調換官銀的。

朱載坖要求將兩案一起查，此案涉及的人員肯定是非常之多的，時間也會非常之久，朱載坖直接要求陸繹將審不過來的部分人犯送東廠好生打著問，朱載坖直接要求廠衛用刑拷問，對於這些人，朱載坖才不管什麼人權，只要不弄死就行，用刑無所謂了，朱載坖現在是搞清楚事情的原委。

同時戶部尚書劉體乾向朱載坖請辭，雖然此事和劉體乾其實沒有多大的關係，但是言官們彈章紛紛，要求劉體乾為此負責，劉體乾也深知，此事肯定是要有部堂大員來為此承擔責任的，朱載坖也沒有挽留劉體乾，批准了劉體乾的致仕，同時任命原戶部左侍郎鄢懋卿為戶部尚書，原戶部左侍郎王國光加戶部尚書銜總督鹽政、鈔關事務 。

而在太子朱翊釴的督率下，陸繹和錦衣親軍和馮保的東廠開始抓捕涉案的官吏，不僅是太倉的官吏，還有戶部的其他官吏也被逮捕，同時新任戶部尚書鄢懋卿請求不僅對太倉銀庫予以核查，同時對京通倉等戶部管轄的其他倉庫予以全面核查，檢視是否有貪墨的行為。

除此之外，朱載坖也命令科道言官會同司禮監檢查內承運庫，太倉不乾淨，朱載坖可不會認為自己的內承運庫就是什麼白蓮花，太倉有的弊端，恐怕內承運庫都存在，朱載坖正好藉此機會，對內承運庫也一道予以清理。

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