朱載坖之前對於衛所一向是採取姑息的態度，因為朱載坖很清楚，衛所的干係太大，積弊太深，短時間內事很難見效的，同時一旦處理的不佳，就會造成大事，所以朱載坖認為必須等到朝廷有足夠的實力，同時內外環境相對比較安定的時候才對衛所進行整頓。

朱載坖也很清楚，衛所到了現在，已經是百足之蟲死而不僵罷了，但是大量的軍官、士卒、軍屯都依賴衛所制度，朱載坖只能徐徐圖之。

這次朱載坖就準備以京操班軍為抓手，對衛所進行一番整頓。

朱載坖首先命令馬芳等人核實各都司向京師派遣京操班軍的數量，根據成祖的規定，京操班軍的總員額為十六萬人，其中駐鳳陽的中都留守司名，河南都司名，山東都司名，駐保定的大寧都司名，這個員額，在當時確實是合理的，但是對於現在來說，顯然已經不合理了。

大寧都司已經被朱載坖調回大寧，承擔這遮蔽薊遼的邊防任務，再從大寧都司抽調京操班軍已經不太合適了，所以朱載坖認為，將大寧都司的班操京軍予以免除，同時班操京軍的主要物件是內地沒有戰事的各都司，目的是為了將他們集中到京營訓練，使得地方上有一支可用之兵，能夠臨機應變，才是班操京軍的用意。

所以朱載坖和諸位參贊軍務大臣們商量了之後，決定以河南、山東、湖廣、直隸等地都司衛所於京師班操，南直、浙江、福建、廣東、江西等地的都司衛所於南京京營班操，從各都司衛所中選拔精壯之士，分春秋兩班，輪班赴京師、南京操練，不赴京師南京班操的時候，剩餘的一半班操京軍也不解散迴歸各衛，而是作為本都司的機兵，分屯於本都司的要害之處，以備不測。

說白了，按照朱載坖的意圖，就是將班操京軍變為從衛所中選練出來的一支脫產武裝力量，除了軍事訓練之外，不負責任何生產，朱載坖和兵部、練兵軍務處商量了之後，認為南北直隸一共抽調八萬人，其餘每都司，抽調班操京軍二萬人，分為兩班，一班屯駐當地，一班赴兩京操練。

同時西南的三個都司，四川、雲南、貴州，由於路途遙遠，暫免京操，但是這三個都司同樣也組建每個都司兩萬人的備操軍，一半分屯本都司，另一半調往緬甸備操，加強朝廷對於緬甸的控制。

同時，對於備操軍的管理，朱載坖也做了明確的規定，雖然這些衛所士卒們是從各衛所選拔出來的，但是朱載坖規定，一旦選入備操軍，其戶籍等事項就從地方的都司衛所轉為歸鎮守總兵官管理了，與地方都司衛所無涉，其糧餉由朝廷直接保障。

同時將原本各地設立的團練等民間武裝，一律解散，不允許有地方武裝的出現。

為了保障士卒們的收入，使得士卒們有體力訓練，朱載坖和一幫老臣們商量之後，決定在班操京軍和京營、親軍諸衛當中實施的新的的軍餉制度，將原本的實物軍餉變為士卒的實物供給，同時發給貨幣軍餉。

按照朱載坖和參贊軍務大臣們商量的，每名士卒每日的伙食由米一升、鹽一錢、菜二兩構成，副食的話，由每月三斤鹹魚，兩斤大豆，油一斤負責，這些都是實物撥出的，為了防止官員們貪墨，朱載坖和重臣們商量之後規定，千戶以下軍官，必須與士卒同吃同住，不準單獨回營。

除了食物之外，還要保障士卒們的四季衣物，防寒棉襖等必須的裝備。

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