張居正的奏疏到了朱載坖的案頭之後，朱載坖是大為讚賞，認為張居正的奏疏極為合適，當即召集內閣和吏部尚書楊博、禮部尚書高儀，要求儘快將張居正的奏疏變成朝廷的法條實施。
對於張居正的奏疏，高拱等人是極為支援的，他們和張居正一樣反感這些生員士子議論國事，甚至用所謂計程車林清議干擾朝廷行政，但是徐階和李春芳則是態度曖昧。
徐階和李春芳很清楚，張居正對所謂的心學不感冒，甚至對於心學中的何心隱之輩極為鄙視，他們擔心一旦朝廷將所有書院收歸官辦，會以朝廷的力量支援理學，打擊心學，所以態度有些曖昧。
朱載坖當然知道徐階和李春芳在猶豫什麼，他對兩位閣臣說道：“即便是官辦書院，也可以講學，但只不議論朝政，煽惑人心即可。”
此事有高拱、張居正和楊博的全力贊同，朱載坖也要力推此事，再加上朱載坖已經答應在官辦書院中也可以傳播心學，徐階和李春芳也就答應下來，朱載坖隨即下令禮部制定相關法令，而指令督師南京的張居正在將浙直等處的書院收歸官辦，從速辦理。
張居正一直不見這些士子們，在無錫的嚴紹庭也就將華府圍起來，和無錫縣計程車子們對峙，但是雙方的矛盾是在不斷地積累當中的。
終於，隆慶元年十二月二十一日，大寒，從京師來的急遞送來了朱載坖的上諭，要求張居正將浙直等處書院收歸官辦，由學政加以管理，同時不準生員議論國事，這下無論是在督師行轅外想找張居正要個說法計程車子們還是他們背後計程車紳們都暴怒了。
沒想到張居正和他們玩陰的，明裡拖延時間，背地裡卻透過密疏向朱載坖請旨，給了東南士紳們後心一刀，將書院收歸官辦，嚴禁士子議論國事，這兩條就是為東南計程車紳們和士子們量身打造，就是為了收拾他們，張居正現在上諭在手，才不怕有人敢鬧事呢。
隨即張居正下令督師標營參將吳惟忠率兵進城，與南京守備恭順侯吳繼爵一道維持秩序，嚴防士子們作亂。吳繼爵立刻指揮南京京營的官軍加強文廟、督師行轅、孝陵的防護，孝陵衛也枕戈待旦，嚴防滋擾。
這些士子們一見張居正居然算到他們前面去了，將他們原本打算去的地方都提前派兵把守，不由得更加憤怒，大批士子們集中起來，準備衝擊督師行轅，讓張居正滾出東南。
張居正這個時候也不裝了，既然你們要找死，也怪不得張某人心狠手辣了，張居正請出天子劍，令督師標營參將吳惟忠率兵將鬧事計程車子全部抓捕，送南京錦衣衛嚴審。
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