首先是進行DNA擴增，對目標序列進行擴增，這個擴增方法一般使用的是聚合酶鏈反應，也就是眾所周知的PCR。
PCR的原理非常簡單，有點類似於數學裡的1+1=2。
這兩個1分別是DNA模板與引物，加號則是DNA聚合酶，等號則象徵著迴圈反應。
得到的結果則是大量的目標序列。
其次則是準備載體DNA，選擇一個合適的載體DNA，一般都是質粒或噬菌體什麼的。
重複之前的操作，對載體DNA進行增強擴增。
然後，取出經過PCR擴增的載體DNA和與目標序列擴增後的DNA片段，用相同的限制性內切酶對它們進行切割。
在這個過程中，載體DNA和目標DNA片段會與限制性內切酶產生催化作用。
酶將這些DNA切割成互補的粘性末端，這會方便後續步驟中進行進一步的連線。
再然後，則是利用DNA連線酶將目標序列與載體DNA連線在一起。
在這個過程中，DNA連線酶的作用是催化目標序列與載體DNA發生連線反應。
連線後的DNA會重新形成一個環狀DNA分子，也被稱之為重組質粒。
最後的操作則是進行轉化，將重組質粒轉化到宿主細胞中，轉化的方法一般是熱衝擊法或電擊法。
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