賀齊，字公苗，是會稽郡山陰縣（今浙江紹興）人。（虞預所著《晉書》記載：賀家原本姓慶。賀齊的伯父賀純，是精通儒學的知名學者，漢安帝時期擔任侍中、江夏太守。後來賀純辭官，和江夏人黃瓊、廣漢郡人楊厚一起，被朝廷用公車徵召入朝。因為要避漢安帝父親孝德皇的名諱（“慶” 與 “皇” 音近，具體避諱細節因史料記載略有差異），才把 “慶” 姓改成了 “賀”。賀齊的父親賀輔，曾擔任永寧縣縣長。）

賀齊年輕時在郡府當差，後來被任命為剡縣（今浙江嵊州）縣長。當時剡縣有個叫斯從的小吏，仗著自己行事豪橫、結交了一批江湖勢力，經常幹違法亂紀的事。賀齊早就想整治他，身邊的主簿趕緊勸道：“斯從是本地的大族子弟，連山裡的越人都依附他。您今天要是治了他的罪，明天這些人肯定會帶兵來鬧事！” 賀齊聽完怒火中燒，當場就下令把斯從抓來斬了。

斯從的族人親戚得知訊息後，立刻互相聯絡，湊了一千多人，舉著兵器就來攻打縣城。賀齊毫不慌亂，帶著縣裡的官吏和百姓，開啟城門主動出擊，一下子就把這群人打得大敗，他的威名也從此傳遍了山越部落。後來太末（今浙江龍游）、豐浦兩地的百姓發動叛亂，賀齊又被調任太末縣長。到任後，他嚴懲作惡的壞人，扶持善良的百姓，只用了一個月，就把叛亂徹底平定了。

建安元年（西元 196 年），孫策來到會稽郡主持政務，經過考察，推薦賀齊為孝廉（漢代選拔官吏的重要科目，相當於獲得了做官的資格）。當時原會稽太守王朗逃到了東冶（今福建福州），候官縣（今福建福州閩侯縣）縣長商升起兵支援王朗。孫策派永寧縣縣長韓晏兼任南部都尉，帶兵去征討商升，同時任命賀齊為永寧縣縣長。可韓晏根本打不過商升，吃了敗仗，孫策只好讓賀齊接替韓晏，兼任南部都尉，繼續領兵作戰。

商升早就聽說過賀齊的威名，心裡發怵，趕緊派使者來請求結盟。賀齊趁機對使者曉之以理，把歸順和抵抗的利弊說得明明白白。商升聽後，立刻送上自己的官印綬帶，出城投降，還把軍隊駐紮到城外，以示誠意。可商升手下的賊寇頭目張雅、詹強等人，不願意跟著投降，反而聯合起來殺了商升。張雅自稱 “無上將軍”，詹強則自稱 “會稽太守”，繼續和朝廷對抗。

當時賀齊的兵力很少，賊寇人數卻很多，硬拼肯定打不過。賀齊只好暫時按兵不動，先穩住陣腳。沒多久，他就發現張雅和自己的女婿何雄，因為爭奪權力鬧起了矛盾，兩人互相不服氣。賀齊抓住這個機會，讓熟悉當地情況的越人暗中挑撥，故意放大兩人的猜忌和隔閡，最後兩人竟然帶兵互相攻打起來。賀齊趁機率領軍隊發起進攻，一仗就把張雅的隊伍打垮了。詹強的部下看到這情形，嚇得魂飛魄散，詹強沒辦法，只好帶著所有人投降了。

候官縣的叛亂平定後，建安（今福建建甌）、漢興（今福建浦城）、南平（今福建南平）三地又亂了起來。賀齊領兵推進到建安，在這裡設立了都尉府，這一年是建安八年（西元 203 年）。會稽郡從下屬各縣調來了五千士兵，每個縣計程車兵都由本縣的縣長帶領，但全都歸賀齊統一指揮。

當時叛亂的賊寇裡，有洪明、洪進、苑御、吳免、華當五個人，每人都帶著一萬多戶人家，在漢興縣一帶聯合駐紮；還有個叫吳五的，帶著六千多戶人，單獨駐紮在大潭（今福建建陽附近）；鄒臨則帶著六千多戶人，駐紮在蓋竹（今福建建陽附近），這些賊寇的據點，都離餘汗縣（今江西餘幹，“汗” 讀 “幹”）不遠。賀齊率軍征討漢興的賊寇，大軍要經過餘汗縣。他考慮到賊寇人多，自己兵力少，要是孤軍深入，後方沒有援兵，很可能會被賊寇截斷退路。於是他下令讓松陽縣（今浙江麗水）縣長丁蕃留下來，駐守餘汗縣，防備後方。

可丁蕃和賀齊本來是鄰縣的官員，覺得讓自己當賀齊的下屬、留下來防守，是件丟人的事，堅決不肯服從命令。賀齊見狀，當場下令把丁蕃斬了。這一下，整個軍隊都被震懾住了，再也沒人敢不服從命令。賀齊隨後分兵留下防守，自己率領主力進攻洪明等人，連續打了好幾場勝仗，把賊寇打得落花流水。在戰場上，賀齊親手斬殺了洪明，吳免、華當、洪進、苑御等人見狀，只好紛紛投降。接著，賀齊又調轉兵力攻打蓋竹的鄒臨，再向大潭的吳五進軍，這兩個賊寇頭目也很快投降了。

這次平叛，賀齊總共斬殺了六千多個賊寇，把主要的賊寇頭目全都活捉了。之後，他重新整頓地方秩序，恢復了各縣的設定，還從當地百姓中挑選出一萬多人補充軍隊。朝廷論功行賞，任命他為平東校尉。建安十年（西元 205 年），賀齊又率軍征討上饒（今江西上饒），平定叛亂後，上奏朝廷，請求從上饒縣分出一部分土地，設立建平縣（今福建建陽）。

建安十三年（西元 208 年），賀齊升任威武中郎將，奉命征討丹陽郡（今安徽宣城一帶）的黟縣（今安徽黃山黟縣）、歙縣（今安徽黃山歙縣）。當時黟縣、歙縣附近的武強、葉鄉、東陽、豐浦四個鄉，率先投降了賀齊。賀齊上奏朝廷，請求把葉鄉改為始新縣（今浙江淳安）。可歙縣還有賊寇頭目金奇，帶著一萬多戶人駐紮在安勒山；毛甘帶著一萬多戶人駐紮在烏聊山；黟縣的賊寇頭目陳僕、祖山，則帶著兩萬多戶人駐紮在林歷山。

這林歷山特別險峻，四面都是陡峭的石壁，高達幾十丈，上山的小路又窄又危險，連刀盾都沒法攜帶。賊寇們站在山頂，只要看到有人上山，就往下扔石頭，朝廷的軍隊根本沒法進攻。大軍在山下駐紮了好幾天，將領和士兵們都愁得沒辦法。賀齊親自繞著山檢視地形，尋找可以進攻的突破口。他暗中招募身手敏捷計程車兵，打造了特製的鐵鉤，偷偷在賊寇沒防備的隱蔽險要處，用鐵鉤開闢出一條能攀爬的小路。到了晚上，他讓這些士兵悄悄爬上山，又在山上掛了很多布條，幫助下面的人往上爬，最後總共上去了一百多人。這些士兵分散到山的四周，同時敲響戰鼓、吹起號角。

賊寇們半夜裡聽到四周都是鼓聲和號角聲，還以為朝廷大軍已經全都攻上了山，頓時嚇得驚慌失措，亂作一團。那些原本守在險要路口的賊寇，也都跑回大本營，想和大部隊匯合。朝廷的大軍趁機順著小路往上衝，一下子就把陳僕等人的隊伍打垮了，剩下的賊寇只好投降。這次戰役，總共斬殺了七千多個賊寇。（葛洪所著《抱朴子》記載：當年吳國派賀齊將軍征討山賊，賊寇裡有個會 “禁術” 的人 —— 每次打仗，朝廷軍隊的刀劍都拔不出來，弓箭射出去還會自己飛回來，導致官軍總是吃虧。賀齊心思縝密，琢磨了很久說：“我聽說有刀刃的兵器能被禁術剋制，有毒的蟲子能被禁術剋制，可那些沒刀刃的東西、沒毒的蟲子，就沒法被禁術剋制。那賊寇肯定只會禁我們的兵器，肯定禁不了沒刀刃的東西。” 於是他讓人做了很多結實的木棍，挑選了五千個力氣大、精銳計程車兵當先鋒，讓他們都拿著木棍。那些山賊仗著有會禁術的人，一點都沒防備。結果官軍拿著木棍衝上去打，那禁術果然不管用了，這一戰下來，殺了上萬的賊寇。）

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