建安十七年，董昭等人認為曹操應當進爵為國公，賜予九錫之禮，配備相應的器物，以此彰顯他的特殊功勳，並私下就此事徵求荀彧的意見。荀彧卻認為，曹操原本興起義兵，目的是匡扶朝廷、安定國家，一直秉持著忠貞的赤誠之心，也保持著謙遜退讓的品德。君子應該用高尚的道德去關愛他人，曹操這樣的人，不應該接受這樣的待遇。曹操得知荀彧的態度後，心中對此頗為不滿。

恰逢曹操要征討孫權，他上表朝廷，請求讓荀彧到譙縣慰勞軍隊，之後便順勢將荀彧留在了身邊，讓他以侍中、光祿大夫的身份持節，參與丞相府的軍事事務。曹操的大軍抵達濡須時，荀彧因病留在壽春，最終因心中憂慮而去世，年僅五十歲，諡號為敬侯。第二年，曹操便晉封為魏公。據《魏氏春秋》記載：曹操送食物給荀彧，荀彧開啟一看，卻是個空盒子，於是荀彧服下毒藥自盡。鹹熙二年，朝廷追贈荀彧為太尉。

《荀彧別傳》記載：荀彧擔任尚書令期間，常常透過書信向曹操陳述事務，在臨終前，他將這些書信都焚燬了，所以他那些奇謀妙策和機密謀劃，世人無法全部知曉。當時，國家正處於頻繁征戰、各項制度初創和恢復的階段，荀彧曾對曹操說：“從前舜分別命令禹、稷、契、皋陶掌管不同事務，以治理各項功績，教化百姓與征戰討伐同時進行。漢高祖初期，戰事正激烈，卻依然推舉那些善於教化百姓的人，叔孫通在軍旅之中研習禮儀，光武帝也有放下兵器講學、讓戰馬休息討論治國之道的事蹟。君子哪怕一頓飯的時間都不會違背仁德。如今您對外平定武功，對內興起文學，使戰爭平息，大道得以施行，國家的危難剛剛消除，六禮也都得到整治，這就如同周公旦輔佐周朝時，能迅速使國家安定。既樹立了德行、建立了功勳，又能著書立說，這確實符合孔子述作的心意；在當下彰顯制度，在後世留下美名，這難道不是一件盛事嗎？如果要等軍事事務全部結束後再進行制度建設，就會拖延國家的治理和教化，這在處理事情上並不明智。您應該召集天下的大才和通儒，共同考訂研討六經，校訂刊正傳記，儲存古今的學問，去除其中繁雜冗長的部分，統一對聖人經典的解釋，大力推崇禮學，逐漸加強教化，這樣就能使王道得以實現。”

荀彧常常從容地與曹操探討治國之道，類似這樣的言論有很多，曹操也常常讚許並採納他的建議。荀彧品德高尚，行為周全，不符合正道的事情他絕不會用心去做，他在天下聲名遠揚，人們都把他當作道德的楷模，海內的英才俊傑都尊崇他。司馬懿常常說，書中記載的久遠之事暫且不論，就我親身聽聞的近百年來，還沒有賢才能夠比得上荀令君（荀彧）。荀彧前後舉薦的人，都是當世的大才，在地方上有荀攸、鍾繇、陳群，在天下範圍內有司馬懿，以及他招攬的當時知名的郗慮、華歆、王朗、荀悅、杜襲、辛毗、趙儼等人，這些人最終都官至卿相，有十幾人之多。荀彧選拔人才不拘一格，戲志才、郭嘉等人曾被世俗詬病，杜畿為人傲慢且缺乏文采，但荀彧都因為他們的智謀而舉薦他們，最終這些人都各自顯揚了名聲。

荀攸後來擔任魏國的尚書令，也致力於推舉賢才、引進士人。曹操說：“兩位荀令君（荀彧、荀攸）對人才的評價，時間越久越能證明其可信度，我至死都不會忘記。”鍾繇認為，顏回去世之後，能夠具備九種品德，且不重複犯錯的，只有荀彧。有人問鍾繇：“您如此敬重荀君，將他比作顏回，還自認為比不上他，能說一說原因嗎？”鍾繇回答道：“對於賢明的君主來說，最好的臣子是如同老師一般的存在，其次則是像朋友一樣。憑藉太祖的聰明才智，每當遇到大事，常常先向荀君諮詢，這就是古代師友之間的道義。我們奉命行事，尚且有時不能做得盡善盡美，與荀君相比，差距難道不大嗎？”

據《獻帝春秋》記載：董承被誅殺後，伏皇后給父親伏完寫信，說曹操殺了董承，皇帝正打算為董承報仇。伏完收到信後拿給荀彧看，荀彧對此感到厭惡，便將此事隱瞞了很久沒有聲張。伏完又把信拿給妻弟樊普看，樊普封存信件後呈遞給曹操，曹操因此暗中做了防備。後來荀彧擔心事情敗露，想要主動向曹操坦白，於是請求出使鄴城，並勸說曹操將女兒許配給漢獻帝。曹操說：“如今朝廷有伏皇后在，我的女兒怎麼能許配給皇帝呢？我憑藉微薄的功勞受到朝廷錄用，官至宰相，難道還要依靠女兒受寵來鞏固地位嗎！”荀彧說：“伏皇后沒有兒子，而且性情兇狠乖戾，她之前給父親寫信，言辭醜惡，我們可以藉此機會廢掉她。”曹操說：“你之前為什麼不告訴我這件事？”荀彧假裝驚訝地說：“我之前已經跟您說過了呀。”曹操說：“這豈是小事，我怎麼會忘記！”荀彧又裝作很驚訝的樣子說：“難道我真的沒跟您說過嗎？之前您在官渡與袁紹對峙，我擔心會增加您的後顧之憂，所以沒有說。”曹操說：“官渡之戰結束後，你為什麼還不說？”荀彧無言以對，只能向曹操請罪。曹操因此對荀彧心懷怨恨，但表面上依然包容他，所以當時世人都不知道這件事。等到董昭提出要封曹操為魏公的建議時，荀彧持不同意見，想要向曹操進言。等到荀彧帶著璽書去犒勞軍隊，飲酒宴客的禮儀結束後，荀彧留下來請求與曹操單獨談話。曹操知道荀彧是想談論封魏公這件事，便作揖示意讓他離開，荀彧最終沒能把話說出口。

荀彧在壽春去世，壽春有逃亡的人告訴孫權，說曹操讓荀彧去殺伏皇后，荀彧不從，所以自殺了。孫權將此事以露布的形式公佈給蜀漢，劉備得知後，說：“這個老賊不死，禍亂就不會停止。”臣松之考察《獻帝春秋》的記載，說荀彧想要告發伏皇后的事情而請求出使鄴城，卻反而誣陷曹操說“之前已經說過”。這種說法毫無證據，又以官渡之戰時的擔憂作為託詞，前後矛盾，言辭和情理都站不住腳，就算是平庸之人，也不會做出這樣的事，又怎麼能以此來汙衊賢哲呢！諸如此類的記載，都出自低俗淺陋之人的編造，可以說是用我們這些平庸之人的言論去惡意詆譭君子。袁暐這類毫無根據的編造，這是最為過分的。