袁紹起初得知曹操去攻打淳于瓊時，還自信滿滿地對長子袁譚說：“就算他去攻打淳于瓊等人，我只要攻下他的大營，他就無處可歸了！”於是，袁紹派張合、高覽前去攻打曹洪。然而，張合、高覽聽聞淳于瓊戰敗的訊息後，深知大勢已去，便陣前倒戈，向曹操投降。袁紹的軍隊見此情形，頓時軍心大亂，全線潰敗。袁紹和袁譚驚慌失措，棄軍而逃，一路渡過黃河。曹操率軍追擊，但終究沒能追上。不過，曹軍繳獲了袁紹大量的輜重、圖書、珍寶，還俘虜了眾多袁軍士兵。

據《獻帝起居注》記載，曹操向朝廷上奏說：“大將軍鄴侯袁紹，之前與冀州牧韓馥謀劃擁立已故大司馬劉虞，還刻制金璽，派原任長畢瑜前往劉虞處，宣揚所謂的天命符錄。袁紹還曾給我寫信說：‘可以把都城定在鄄城，到時候應當有所擁立。’他擅自鑄造金銀印璽，各地的孝廉、計吏都前往投奔他。他的堂弟濟陰太守袁敘在給袁紹的信中說：‘如今天下大亂，天意顯然在我們袁家，神靈已經有了徵兆，應當落在您兄長身上。南方的臣下想要擁立您兄長即位，您兄長說，論年齡，北方的兄長更大，論地位，北方的兄長更重要。本打算送去玉璽，卻被曹操阻斷了道路。’袁紹宗族世代蒙受國家的重恩，卻做出如此凶逆無道的事。我於是整軍備戰，與他在官渡交戰。憑藉著聖朝的威嚴，我軍斬殺了袁紹大將淳于瓊等八人，大敗袁軍。袁紹和他的兒子袁譚只能輕裝逃走。此次戰役，我軍共斬首七萬多級，繳獲的輜重財物更是不計其數。”

曹操在繳獲的袁紹信件中，發現了許多許都和自己軍中的人暗中與袁紹勾結的信件。曹操並未追究這些人，而是將信件全部燒燬。《魏氏春秋》記載，曹操說：“當袁紹強盛之時，我自己都難以自保，更何況其他人呢！”經此一役，冀州的許多郡縣紛紛舉城投降曹操。

想當初，漢桓帝在位的時候，在楚、宋兩國的分野之處，有一顆黃星閃耀出現。遼東有個叫殷馗（“馗”，就是古字“逵”，在《三蒼》中可查）的人，此人精通天文之術。他曾預言，此後五十年，會有真命天子在梁、沛之間崛起，其鋒芒無人能擋。時光悠悠流轉，到如今剛好過去了五十年，曹操在官渡大破袁紹，一時間，天下再沒有能與他抗衡的人，彷彿真應了當年殷馗的預言。

建安六年夏四月，曹操在黃河之畔整軍揚威，向袁紹駐紮在倉亭的軍隊發起進攻。曹軍士氣高昂，攻勢凌厲，一舉擊破袁軍。袁紹吃了敗仗，狼狽退回，卻並未就此一蹶不振。他重新收攏那些離散計程車兵，又去攻打平定那些背叛他的郡縣，試圖重振旗鼓。

同年九月，曹操班師回朝，回到許都。在袁紹還未被打敗的時候，他曾派遣劉備去攻略汝南。汝南當地的賊寇共都等人紛紛響應劉備，一時間聲勢浩大。曹操派蔡揚前去攻打共都，然而戰事不順，蔡揚反被共都擊敗。曹操得知後，決定親自率軍南征劉備。劉備聽說曹操親自前來，心中大驚失色，不敢應戰，趕忙逃往劉表處尋求庇護。共都等人見劉備已逃，頓時樹倒猢猻散，各自散去。

建安七年春正月，曹操率領軍隊來到譙縣。看著這片曾經熟悉的故土，如今卻因戰亂變得滿目瘡痍，曹操心中感慨萬千，他下令道：“我興起義兵，本意是為天下百姓剷除暴亂。可如今，故鄉的百姓大多在戰亂中死去，我在城中整日行走，卻幾乎遇不到一個相識之人，心中滿是淒涼悲愴。自起義兵以來，那些為國家奮戰而斷絕後嗣的將士們，我要尋找他們的親戚，讓這些親戚作為他們的後嗣，賜予他們土地和耕田的牛，還要為他們安排學師進行教導。為那些還在世的將士建立宗廟，讓他們能夠祭祀自己的先人。若是逝者的靈魂有知，我百年之後也就沒有什麼遺憾了！”之後，曹操率軍來到浚儀，組織人手治理睢陽渠，以保障當地的水利和民生。他還特意派遣使者，用太牢之禮祭祀橋玄。（《褒賞令》中記載了曹操的祭祀文章：“已故的太尉橋公，品德高尚，廣施仁愛，胸懷寬廣，能包容萬物。國家銘記他的英明訓誡，士人思念他的良策。如今，他的靈魂已歸於幽冥，身體也已化為塵土，令人追思卻又遙不可及！我在年幼之時，有幸得以登門拜訪，得以與他相識。以我頑劣粗鄙的資質，卻能得到橋公這樣的大君子接納。我能增添榮耀、開闊眼界，全都是因為他的鼓勵和幫助。就如同孔子稱讚自己不如顏淵，李生深切讚歎賈復一樣，我對橋公滿懷感激。士為知己者死，這份恩情我永遠不會忘懷。橋公還曾與我從容交談，並立下約定：‘我去世之後，你若路過我的墓地，要是不用斗酒隻雞來祭拜我，等你的車過去三步之後，我要是讓你肚子疼可別見怪！’雖然這只是當時玩笑般的話語，但若不是關係至親至厚，又怎會說出這樣的話呢？我並非害怕橋公的靈魂會發怒讓我生病，只是懷念往昔的情誼，每每想起，心中就滿是悽愴。如今我奉命東征，軍隊駐紮在故鄉附近，向北遙望橋公的墓地，心中滿是思念。我備下這微薄的祭品，希望橋公能夠享用！”）祭祀完畢，曹操又率軍進駐官渡，時刻準備應對新的戰事。

袁紹自從在官渡戰敗之後，心情抑鬱，積鬱成疾，常常吐血。到了建安七年夏五月，他終究還是沒能挺過去，一命嗚呼。袁紹死後，他的小兒子袁尚接替了他的位置，大兒子袁譚則自封車騎將軍，屯兵在黎陽。

這年秋九月，曹操決定征討袁譚和袁尚。雙方一交戰，便陷入了激烈的戰鬥。袁譚和袁尚的軍隊接連敗退，但他們憑藉著堅固的城防，拼死固守，曹操一時間也難以攻克。

建安八年春三月，曹操改變策略，開始攻打黎陽的外城。袁譚和袁尚見曹操來勢洶洶，終於按捺不住，出城迎戰。曹操指揮若定，曹軍士氣高昂，奮勇殺敵，一舉大破袁軍。袁譚和袁尚見勢不妙，趁著夜色倉皇逃竄。夏四月，曹操乘勝進軍，直逼鄴城。然而，五月時曹操又率軍回到許都，只留下賈信屯守黎陽。

五月己酉日，曹操頒佈了一道命令：“《司馬法》中說‘將軍死綏’（據《魏書》解釋，‘綏’就是退卻的意思，要求將士們前進一尺也不能後退一寸），所以趙括的母親才會請求不因趙括戰敗而受牽連獲罪。由此可見，在古代，將領在戰場上打了敗仗，他的家人在國內也會受到懲罰。但如今我軍出征，只獎賞有功之人，卻不懲罰有罪之人，這不符合國家的典章制度。現在我命令，各位將領出徵時，若是打了敗仗，必須承擔罪責；作戰失利的，要免去官職和爵位。”（《魏書》中還記載了庚申日頒佈的另一道命令：“有人認為，軍中的官吏雖然有功勞和才能，但德行不足以勝任郡國的選拔，就像古人說的‘可以和他一起遵循正道，卻不可以和他一起權衡變通’。管仲說過：‘讓賢能的人憑藉才能獲得俸祿，君主就會受到尊崇；讓戰士憑藉戰功獲得賞賜，士兵就會不懼死亡。在國家中實行這兩條，天下就能得到治理。’從未聽說過無能的人和不作戰的人，都能接受俸祿和賞賜，卻還能立功興國的。所以英明的君主不會任用沒有功勞的臣子，不會獎賞不作戰計程車兵；國家太平的時候崇尚德行，有戰事的時候獎賞功勞。那些議論的人，就像是從竹管裡看老虎，見識太淺薄了！” ）

建安八年秋七月，曹操又下達了一道命令：“自天下大亂以來，已經過去了十五年。年輕的一代從未見過仁義禮讓的風氣，對此我深感痛心。現在我命令各郡國要重視文化教育，人口滿五百戶的縣要設定學校，選拔當地的優秀人才進行教育培養。希望先代聖賢的思想和學說不會荒廢，從而對天下有所裨益。”

八月，曹操決定征討劉表，他率領軍隊進駐西平。就在曹操離開鄴城向南進軍的時候，袁譚和袁尚為了爭奪冀州，展開了激烈的爭鬥。袁譚不敵袁尚，被打得節節敗退，最後只能逃往平原，據城自保。袁尚乘勝追擊，對平原城發起了猛烈的進攻。袁譚走投無路，只好派辛毗向曹操乞降求救。曹操的將領們對此都心存疑慮，不知是否該答應袁譚的請求。關鍵時刻，荀攸站出來勸說曹操答應袁譚，（據《魏書》記載，曹操說：“我攻打呂布的時候，劉表沒有趁機侵擾；官渡之戰時，他也沒有救援袁紹，他就是個只求自保的人，我們可以以後再對付他。袁譚和袁尚狡猾多端，我們應該趁著他們內亂的機會出擊。就算袁譚心懷狡詐，不會一直乖乖聽話，但只要我們能打敗袁尚，佔領他的部分土地，對我們也是大有好處的。”於是曹操便答應了袁譚的請求。）曹操聽了荀攸的分析，覺得很有道理，便率領軍隊返回。

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