三協組成一個鎮，每鎮的總編制人數為人；

營以下則是增加哨的編制，每營下轄三哨，每哨400人，哨以下管轄三個汛和直轄的三個隊，汛以下的編制不變，每汛仍為100人，轄三隊，每隊32人。

軍事級別增加了，將領和軍官的等級自然也得增加，經過張鹿安對原本大明將官體系進行微調，每鎮的正職為總兵，副職為副將；每協的正職為參將，副職為新增加的偏將；每營的正職為游擊，副職為新增加的裨將；每哨的正職為千總，副職為副千戶；每汛的正職為把總，副職為百戶或者試百戶；每隊有一名隊長（又稱總旗官）和一名副隊長（新增加副總旗的稱呼）；什長又稱為小旗官。

具體編制是極為複雜的，以第七協為例，將原親民官宋德宜撤回，原下轄第七騎兵營調回登州，原來的第三十營游擊馬天因從孔有德手中獲取莫高刀的功勞，晉升為協偏將，成為參將丁維嶽的副手，他所空出來的第三十步兵營游擊由立功的馬德繼任。

如果詳細述說整編經過會顯得特別繁瑣，因為涉及到大量的將領和軍官的調動，需要同時兼顧“摻沙子”和“埋釘子”，還得照顧新投誠的一些將領的心情，之後先期整編的部隊還得與一線的部隊進行換防，將一線部隊撤下進行重新整編，再派回前線。

整個過程複雜多變，持續了三個月的時間，整編完成後，除了遼南和濟州島的軍隊外，蓼軍的編制簡要陳述為：

一、張鹿安直管的近衛鎮野戰軍，包含丘無極統領的近衛協（加強協）、仇有光率領的騎兵第一協（整編後暫時包含六個騎兵營，分別為巴勒的第二騎兵營、周桂軒的第三騎兵營、程萬里的第六騎兵營、彭心見的第七騎兵營、賀國勇的第九騎兵營和亞柱的第十騎兵營）、譚應華率領的炮兵協（編制不變）、裴守政的第八步兵協（偏將王馳，下轄馬瑞恆的第三十一步兵營、劉桐湘的第三十二步兵營和楊之華的第三十三步兵營）、趙良棟的第九步兵協（偏將為李德，下轄陳利軍的第三十四步兵營、來長林的第三十五步兵營和接替了升職的李德職位的降將杜應金所統帥第三十六步兵營）和仇有亮的第十一協（偏將葉晟，下轄楊邦澤的第四十六步兵營、魯胤昌的第四十七步兵營和駱賓的第四十八步兵營），總兵力合計兩萬五千餘人（近衛鎮比較特殊，屬於加強軍鎮）。

二、一線的防守部隊為萊州鎮和膠州鎮，其中萊州鎮的總兵為於七，親民官宋德宸，副將於六，參軍董樵，下轄第四協、第五協和新組建的第十五協；

第四協參將曹良臣，偏將曹天助，下轄張狀猷的第十三步兵營、孟大石的第十四步兵營和賈得虎的第十五步兵營；

第五協參將為李應詳，偏將楊彩，下轄姚來賀的第十六步兵營、李文昇（原楊衍部將，接替李應詳原來的位置）的第十七步兵營和秦尚行的第十八步兵營；

第十五協參將為謝遷，副將趙束鄉，下轄高三洲（金州降將，接替陣亡的趙慎寬的職位）的第十九步兵營、楊珍（接替陣亡的葛東方的職位）的第二十步兵營和丁可澤（接替調職的程功的職位）的第四十九步兵營。

膠州鎮的總兵為張應舉，親民官王朝，副將張勇，參軍楚國用，下轄第十二、第十三和第十四協；

其中第十二協參將楊斌，偏將程功，下轄楊鴻升的第二十九步兵營、馬德（接替調職的馬天的職位）的第三十步兵營和汪思誠的第四十步兵營；

。營兵步三十四第的新鼎錢和營兵步二十四第的）位職的遠覃的崗調替接（貴邦、營兵步一十四第的）位職的時明賈的職調替接（功孫轄下，衍楊為將偏，華楊將參協三十第

。營兵步十五第的國忠陳和營兵步五十四第的領率顯秦、營兵步四十四第的堯世宋轄下，雲嗣楊為將偏，吾三楊為將參協四十第

；萊為地駐，營兵騎五第立獨的領率同不趙擊游和營兵騎四第立獨的領率里百金擊游、）營兵步八十二第的山雲楊和營兵步七十二第的軒魁周、營兵步六十二第的中堯張轄下，天馬將偏（協七第的嶽維丁的管直弼公王有則隊部機守防線二、三

。）爾特為將裨（營兵騎一十第立獨的領率勇國馬擊游和）才茂郭為將裨（營八第兵騎立獨的領率猛二李擊游、）營兵步九十三第的領率仁近富和營兵步八十三第的領率蝰吳、營兵步七十三第的領率岐丁轄下，時明賈為將偏（協十第的領率遠覃有則隊部的轄直芸利陳

。力之守防的定一備對絕地一萊登，來而力主盡傾軍清是不要只，鎮衛近有沒使即，團民縣各和）裝武方地級府（營備守的府個四、）裝武方地級省（營司都的萊登上加再果如

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