因漢尼斯被當年吃掉媽媽的那個巨人吃掉，艾倫幾近精神崩潰陷入絕望，同樣求生無望的三笠對艾倫悽美告白，感謝艾倫為其所做的一切，並露出幸福的笑容，深受感動的艾倫回憶起媽媽的話，重新振作決意保護三笠，並立下紅巾之約。最終艾倫為保護三笠而爆發出強大的意志力，接著，他獲得“座標”之力（疑似能用意念控制其他無垢巨人的能力）。

受到支配的無垢巨人們對曾吃掉其母親的巨人群起而攻將其啃蝕殆盡。之後因為對鎧之巨人表露敵意，而使大批無垢巨人轉而攻擊鎧之巨人與超大型巨人，在擺脫了巨人們的糾纏之後，艾倫背起受傷的三笠與調查團同伴們一起逃離險地。實際上，艾倫之所以能夠發動“座標”之力，是因為他是始祖巨人的宿主，而吃掉艾倫母親和漢尼斯的巨人戴娜·弗裡茨擁有弗裡茨王室血統。當非王室血統的始祖巨人宿主和擁有王室血統的巨人接觸時，便會發動“座標”之力。

艾倫與倖存的調查兵團同伴們一起撤回羅塞之牆，原本出動救援艾倫的聯軍（調查團主力與憲兵團主力）人數有一百人左右，撤回牆壁時有六成士兵陣亡，艾倫深感內疚。讓·基爾希斯坦在艾倫迷茫時用“艾倫式說教”幫助艾倫重新確立目標：用自己“座標”的能力驅使巨人堵上瑪利亞之牆以及手刃萊納等人。一週之後，傷愈的利威爾在聽完韓吉·佐耶與康尼·斯普林格關於巨人的情報後，與正在養傷的艾爾文·史密斯商議確定組建新利威爾班。艾倫與三笠、阿明等訓練兵團104期出身的同伴們一起加入了新利威爾班。

對戰萊納第一次帕拉迪島內亂艾倫和調查兵團暫時藏身在山中的木屋裡，在韓吉和利威爾的安排下進行探究巨人化特質的研究和實驗。掌握了有關艾倫巨人化次數極限，變身後知能程度等等情報，同時失望地得知艾倫尚且對如何硬質化毫無頭緒，使得阿爾敏設想的“利用硬質化的殘留巨人之軀封堵城門”的計劃無法實施。另一邊，同期生的克麗絲塔·連茲向眾人坦白了身份：原來她真名為希斯特莉亞·雷伊斯，是偽裝成普通貴族的牆內真實王族——雷伊斯家的私生女。

此時韓吉和利維接到身處中央的埃爾文通報，中央有人要強取艾倫和希斯特莉亞。縱然韓吉等人想盡辦法掩護，艾，希二人還是落入了中央憲兵之手。在雷伊斯家莊園的秘密地下洞窟中，艾倫被鎖鏈綁在高臺上，而希斯特莉亞則和生父羅德·雷伊斯重逢。透過和雷伊斯父女的身體接觸，艾倫體內潛藏的部分記憶被喚醒：原來艾倫的父親格里沙是巨人之力的持有者。在瑪利亞之牆陷落的當晚，格里沙來到雷伊斯家的地窖，將羅德的長女弗麗達·雷伊斯變身的巨人打敗併吞食了本體，由此奪得了雷伊斯家傳的，能支配一切巨人的“始祖巨人”之力，並將羅德的在場的其他孩子也全部殺死。

之後格里沙找到了難民營中的艾倫，將艾倫帶到樹林中，將藏著秘密的地下室的鑰匙留給艾倫後給艾倫注射了巨人化的針劑，自己則被巨人化的艾倫吞食，得以將自己身負的二種巨人之力和記憶寄宿到艾倫身上。之後艾倫被訓練兵團的教官長基斯·夏迪斯抱回難民營。得知了真相的艾倫精神崩潰，認為自己和父親才是一切災難的根源，哭喊著要求希斯特莉亞吃掉自己取回始祖巨人之力，憑藉王族之血發動始祖之力，支配巨人，終結戰爭。

希斯特莉亞意識到百多年來雷伊斯家族雖能支配巨人卻對拯救人類毫無作為，拒絕了父親要其吞食艾倫巨人之力的要求，打碎了針劑並試圖將艾倫解放。此時調查軍團趕來救援二人。窮途末路的羅德舔舐灑在地上的巨人化針劑，變身成了殘缺不全，只能爬行的超大型巨人，同時也撐壞了地窖使之趨於崩潰。

眼看兵團眾人即將葬身於坍塌的洞窟，艾倫發現了羅德連同巨人化針劑一同拿來的寫有“鎧甲”標籤的瓶子，放手一搏下咬破瓶子的同時變身巨人，成功使出了全身硬質化以支撐洞體，令眾人得救。

之後艾倫同兵團在前往奧爾福德區去阻止即將爬行而至的巨人化羅德。艾倫變身巨人將大量炸藥扔入羅德巨人體內將其炸碎，最後由希斯特莉亞親手給父親最後一擊，以此為將登基的新女王立威。

新女王登基，調查軍團排除了背後的不確定因素。艾倫掌握了硬質化能力，並藉此完成了韓吉設計的“巨人斷頭臺”，在託洛斯特區實驗並殺死了大量巨人。這一切為進行下一步奪回人類領地——瑪利亞之牆的計劃奠定了基礎。

另一邊艾倫透過更多地與希斯特莉亞接觸，喚醒了父親傳遞的更多的記憶片段。從記憶片段中艾倫發現訓練兵團教官，也是原調查兵團團長的基斯·夏迪斯和過去的格里沙熟識，可能知道部分格里沙的秘密，便和眾人拜訪了基斯。然而基斯對格里沙的來歷所知也極其有限。但艾倫從基斯口中知道了母親卡爾拉對他的期望：縱使平凡，只要能降生在這個世界上，便已經十分偉大了。令艾倫對自己 “不特別”的執念得到了釋懷。

其後，瑪利亞奪還作戰實施。艾倫隨兵團星夜趕到希甘希納區，開場便成功按計劃利用巨人化和硬質化能力封住了希甘希納外側的破洞。但始終按兵不動，不知藏身何處的萊納和貝爾托特令眾人感到十分不安。阿爾敏察覺到了敵人藏在牆體內部的可能，成功逼出了萊納。

城牆另一邊，從萊納等人的“故鄉”前來的戰士長也變身成獸之巨人，和受其操控的大量無垢巨人一同封住了調查軍團的退路。艾倫和萊納，埃爾文，利維和戰士長分別在瑪利亞之牆的內外展開博弈。希甘希納區內，艾倫施展出來長期訓練的區域性硬質化——將硬質化集中在拳頭上以大大提升硬度，輕易地擊潰了萊納覆蓋全身的鎧甲。配合調查軍團持有的新式兵器——雷槍，很快將萊納逼入絕境。

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