就在李自成被追殺的時候，1644年三月，李自成攻佔北京，明思宗於煤山自縊，北方明廷覆滅；清軍隨即入關並定都北京，南北局勢驟變。此時明朝在南京仍保有較為完整的官僚體系與財賦基礎，具備迅速重建中央政權的條件。五月，南京方面遂決意擁立宗室重建朝廷

三月京師陷落後，福王朱由崧與潞王朱常淓避至淮安。南京兵部尚書史可法初主擁立“賢者”潞王，鳳陽總督馬士英則與江北諸將聯絡，力主立福王，形成“擁福”與“擁潞”兩派。馬士英一方面以兵權為後盾，促成江北四鎮表態，另一方面在南京朝中推動誓文簽名，造成既成事實。四月下旬，朱由崧自浦口渡江入南京，先以監國名義主持政務，隨後登基稱帝

1644年五月十五日，朱由崧在南京武英殿即皇帝位，改元弘光，是為弘光帝。登極詔書以“討賊復仇”為號召，並頒“二十五款新政”（如減免錢糧、整頓漕運、激勵墾屯等），但對策重點並未直接指向已據北京的清政權。由此，弘光政權在南京正式建立並開始運轉

歷史上是南明政權是由弘光帝朱由崧建立，但在這裡，則是由南京兵部尚書史可法擁立的璐王朱常芳登基稱帝

中樞方面，以史可法為東閣大學士入閣辦事，參與機務；馬士英亦入閣並掌兵權，形成以文官集團與擁立功臣相互制衡的格局。軍事上，史可法部署江北四鎮：劉澤清（淮、海）、高傑（徐、泗）、劉良佐（鳳、壽）、黃得功（滁、和），與武昌的左良玉部共同構成江淮防線，企圖憑江、淮天險阻遏清軍南下

歷史上弘光朝廷基本國策為“聯虜平寇”，即謀求與清軍合作，先合力消滅以李自成為首的大順軍，再圖恢復。這一取向在朝中一度具有廣泛共識，反映出江南官僚在軍事與財政壓力下的現實選擇，但也為其後與清廷迅速決裂埋下伏筆

但朱常芳採取了和朱由崧截然不同的政策，他選擇聯合李自成共同對抗清軍，但李自成的大順軍在清軍的聯合絞殺下很快滅亡，沒有找到玉璽的順治在剿滅大順政權後立刻對南明朝廷發起了進攻

馬士英在和史可法的擁帝之爭中落敗後一直心存不滿，史可法鎮守揚州時消極支援導致史可法獨木難支被清軍破城，史可法戰死

1865年5月8號到9號清軍乘大霧夜渡瓜洲，次日克鎮江，江南江防門戶洞開，南京戰略態勢急轉直下，5月15號清軍進攻南京，朱常芳帶著最後的明軍頑強抵抗，但馬士英聯合田雄，馬得功等人消極抵抗導致清軍入城，清軍入城後對南京展開了血腥暴力的屠殺

朱常芳死戰不退，但被馬士英等人被刺皇宮大門敞開清軍進入皇宮，馬士英等人抓住朱常芳帶頭投降，朱常芳不堪其辱自殺殉國，南明政權自此覆滅

隨著南明政權覆滅，順治再次下達尋找玉璽的命令，但多鐸把南京都翻過來了仍然沒有找到玉璽，這讓順治大為惱火

經過長達十年的搜尋，順治十一年才查到在北京城被李自成攻破也就是南明政權建立的時候，廣東福建等地秘密出港了大量船隻和消失了大量工匠和書籍，但此時的順治已經沒有心情再去追究這些人到那裡去了

朱慈烺從五月從廣東福建一帶秘密出海後，一路南下，他也不知道去那裡，因為朱由檢告訴他

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