在沒了宗室和勳貴的支撐下，大明皇帝一下子就成了真正的“孤家寡人”，而朝堂上文官集團的力量大增，監察制度漸漸流為形式，各級官員相互勾結不僅把觸手伸向了原本由宗室和勳貴聯手把持的軍隊，還改變了整個朝堂的格局。
在這種情況下，大明皇帝也感受到了威脅，明白如此下去皇權根本無法抗衡文官集團，開始做出了改變。
這個改變就是在內廷設定司禮監，扶持起太監群體來牽制文官集團，同時也加強了錦衣衛的職權來抗衡，為了更好掌控錦衣衛，避免錦衣衛職權過大產生失控又用司禮監名義成立東廠，等東廠成立後為了監督東廠又成立了西廠，甚至在正德年間還成立了監督東西廠的內廠，這些機構一環扣一環，也算是煞費苦心了。
最終，大明政治格局就變成了後來這幅模樣，可就算這樣文官集團的實力還是越發強大，強大到了萬曆後期東林黨橫空而出，直接威脅到了皇權。
皇帝的大權旁落，不甘心權力落到文官集團手上只能想辦法搶奪權力，這也是天啟皇帝重用魏忠賢拼命打壓東林黨的緣故。可惜天啟皇帝最終沒能完成他的設想，在東林黨即將徹底覆滅之前倒了下去，而繼位的崇禎皇帝一開始就被忽悠得不辨東西南北，輕易就殺掉了魏忠賢，處置了所謂的閹黨，就連錦衣衛也被打壓，斷了自己臂膀，從而喪失了主動權。
後來崇禎皇帝自己也漸漸明白過來了，並開始不斷調整朝廷的格局，包括對東林黨的打壓。可惜崇禎皇帝的政治手段相比天啟皇帝差得太遠，而且他這個人本身就有性格缺陷，剛愎自用性格過急，再加上優柔寡斷又多疑善變，尤其是他刻薄寡恩，還有他的政治眼光也是不成，國家在他手上非但沒有好轉，反而越發糟糕。
朱慎錐在當宗室的時候就仔細瞭解和分析過大明的政治格局，對目前大明的政治結構進行過深思。等到他同樣以靖難的方式成為皇帝后，朱慎錐就著手一步步改變這些格局，從而解決這些問題。
在朱慎錐看來，朱元璋設定的政治結構大方向沒什麼問題，可後來所發生的一系列變化也是朱元璋根本想不到的。不過此一時彼一時，現在的大明早就不是當初的大明瞭，而且整個世界格局也發生了巨大變化，假如直接恢復朱元璋時期的政治格局在目前並不合適，而且之後形成的格局情況也已延續了兩百多年，如要廢除重新調整不僅難上加難，更會引發諸多問題。
所以最終朱慎錐還是採取了循序漸進，一步步調整的方式。他首先就是進一步完善大明的監察體系，在之前大明的監察體系從結構來說沒什麼問題，關鍵問題在於這個監察體系實際名存實亡，已淪為文官集團用來攻擊政治對手的工具罷了，而沒有了原本的職能。
從這方面入手是最便利的，不僅能重建監察體系，更能借此壓制住包括東林黨在內的各黨文官集團，從而使得這把利刃握在皇帝的手中。在完成監察體系的整頓後，就勢調整朝堂的結構，這點朱慎錐花了幾年時間逐步完成，其中還經歷了江南案這樣的大案，更下狠手處置甚至殺了不少人。
此外，就是扶持勳貴和宗室的問題了，相比文官集團勳貴和宗室顯然天然親近於皇室，畢竟他們一個是與國同休的勳貴，另一個本就是皇室的旁支是自家親戚。他們的榮華富貴來自於大明王朝，一旦大明王朝沒了，那麼他們所擁有的一切也全成為了雲煙。
而文官集團卻不同，固然有不少忠臣良臣對大明忠心耿耿，可也有不少為了自身利益和家族考科舉當官的，後者的人數遠多於前者，別看他們表面上如何大談特談所謂的忠義，可實際上背後的齷齪卻是不少，事實也是這樣，在原本歷史上隨著大明王朝的崩塌後，這些文官中投敵的不在少數。
用《三國演義》中的一段，也就是魯肅勸孫權不能投降曹操的那段話，魯肅告訴孫權其他人都可以投降唯獨他孫權萬萬不能投降，因為其他人投降了曹操依舊可以在曹操那邊做官，對於這些人來說只不過換了個地方繼續保全自己的身份地位和榮華富貴罷了。
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