在這之後，阮惠追擊清軍至富良江附近。孫士毅意圖再次渡江與阮惠決戰，但遭到許世亨的勸阻，認為此舉有損大清國威。孫士毅最終選擇撤軍，並上書自我檢討。清廷令他繼續駐紮鎮南關處理事務。不久，阮惠派遣使者請求歸附大清，福康安到達後，與孫士毅一同嚴厲斥責阮惠的使臣。孫士毅認為黎維祁無力維持統治，建議冊封阮惠為安南國王，乾隆帝接受了這一建議。

不久後，孫士毅被召回京師，被任命為兵部尚書，並充任軍機大臣，入值南書房。同年冬天，他又被派往四川代行總督職務。然而，一年後，他被免去了總督之職。不久，因兩江總督書麟因高郵書吏偽造印章非法收稅而被治罪，清廷任命孫士毅接替他，並指示他嚴肅處理此事。孫士毅在江南地區認真履職，繼續為朝廷服務。

四。遠征後藏

乾隆五十六年（1791年），孫士毅因在平定臺灣林爽文起義和處理安南事務中的傑出表現，被清廷授予吏部尚書。協辦大學士的高位。這一年，廓爾喀（今尼泊爾）入侵西藏，威脅到了清廷在西南邊疆的穩定。面對這一緊急情況，清廷迅速作出了反應，任命孫士毅暫時代理四川總督一職，負責監督大軍的軍餉供給。

孫士毅深知此次任務的重要性，他從打箭爐出發，一路向西，駐紮在察木多。在那裡，他不僅需要確保軍需物資的供應，還要密切關注前方戰局的變化。隨著清軍進入後藏地區，孫士毅親自前往前藏，親自監督軍餉的運輸情況，確保前線將士能夠得到充足的後勤支援。由於他在這一過程中表現出色，清廷再次對他進行了表彰，賞賜雙眼花翎，以示嘉獎。

次年，即乾隆五十七年（1792年），在孫士毅等人的共同努力下，廓爾喀的入侵被成功平定。為了表彰孫士毅在此戰役中的貢獻，清廷將他的畫像再次懸掛於紫光閣，作為對他的榮譽象徵。此外，他還被任命為文淵閣大學士，併兼任禮部尚書。與此同時，孫士毅與福康安。和琳共同駐紮在前藏地區，商討戰後的各項善後事宜，以確保西藏地區的長期穩定。

在此期間，福康安率領金川土司覲見乾隆帝，孫士毅被再次任命為四川總督，繼續負責相關事務。不久之後，福康安調任雲貴總督，由和琳接替其職務。乾隆帝命令孫士毅留在四川，處理與廓爾喀戰役相關的軍需奏銷事宜。孫士毅意識到福康安和和琳在前線的重要性，上奏請求允許二人繼續留任，但乾隆帝並未批准此請求。

五。剿亂病死

乾隆六十年（1795年），湖南地區爆發了苗族起義，叛亂勢力甚至滲透到了四川秀山境內。面對這一緊急情況，孫士毅被委以重任，率軍前往當地平叛。他迅速組織兵力，駐守關鍵地點，有效地遏制了叛軍的進一步擴散。孫士毅不僅親自指揮作戰，還採取了一系列措施，加強了地方的治安管控，穩固了局勢。

嘉慶元年（1796年），湖北的白蓮教起義愈演愈烈，並蔓延至四川的酉陽地區。孫士毅再次臨危受命，迅速調整戰略部署，將部隊轉移至來鳳地區，積極展開對白蓮教叛軍的清剿行動。在他的指揮下，清軍取得了多次勝利，孫士毅也因此功勳被封為三等男。

在一次戰鬥中，白蓮教叛軍退守至茶園溪，連續的暴雨使得叛軍放鬆了警惕。孫士毅敏銳地察覺到這一時機，決定發起夜襲。他精心策劃，挑選精銳部隊，在深夜時分對叛軍營地發起了突襲。清軍手持短兵器，勇敢地與叛軍展開近身搏鬥。千總張超更是身先士卒，手持長矛衝鋒在前，一舉突破了叛軍的防線，斬殺了叛軍首領，並追擊四十餘里，徹底擊潰了叛軍主力。

儘管取得了這場戰鬥的勝利，但孫士毅並未放鬆警惕。他深知叛軍可能會再次集結力量，便率軍繼續追擊，直至叛軍退至旗鼓寨。孫士毅指揮部隊緊隨其後，對叛軍殘部進行圍剿。在這一系列戰鬥中，孫士毅展現出了卓越的軍事才能和堅定的決心。

然而，長期的征戰與勞累對孫士毅的身體造成了巨大的負擔。在嘉慶元年（1796年）六月，孫士毅因病逝世于軍中，享年七十七歲。他的去世對清廷來說是一個巨大的損失。孫士毅一生致力於維護國家的統一和社會的安定，尤其是在平叛過程中所展現出的英勇與智慧，贏得了朝廷和百姓的高度讚揚。

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