1679年，面對清廷實行的遷界禁海政策，鄭軍的糧餉來源受到了嚴重威脅，金門和廈門兩地的居民負擔加重，怨聲載道。為了緩解百姓的壓力，劉國軒自請停發自己的俸祿，併為麾下士兵提供三個月的額外軍餉。其他將領如吳淑。何佑。江勝。林升等人也跟隨劉國軒的腳步，自請停發俸祿，共同分擔困難。

同年七月，劉國軒僅用一夜的時間就築起了潯尾寨，展現了他卓越的軍事組織能力。十月，他又著手修建丙州城，但尚未完工就遭遇了清軍數萬大軍的襲擊。面對強敵，劉國軒率領數千士兵堅守陣地，英勇抵抗，成功斬殺了清軍將領巴石兔等人，使得清軍不敢輕易進攻，確保了金門和廈門的安全。

四。掌握軍權

1680年，鄭經統治下的臺灣面臨了前所未有的危機。這一年二月，鄭經的心腹施明良秘密勾結清廷總督姚啟聖，計劃捉拿鄭經獻給清朝。劉國軒得知訊息後，果斷行動，迅速處決了施明良，避免了可能發生的政變。然而，此時鄭軍的水師剛剛遭受重大損失，不得不退守金門。海澄守將蘇戡（一作蘇侃）獻城投降清軍，導致金門和廈門失去了重要的屏障。在這種情況下，無論是鄭經本人還是鄭軍的將士們都失去了繼續堅守的信心。劉國軒也意識到局勢已經難以逆轉，因此做出了放棄金門和廈門兩島的決定，率領軍隊撤回臺灣。

鄭軍撤回臺灣後，原本留守臺灣的東寧 總 制 陳永華失去了支援。陳永華在臺灣有著較高的威望，負責管理臺灣的兵馬和守衛事宜。然而，侍衛馮錫範對陳永華懷有嫉妒之心，企圖奪取他的兵權。馮錫範與劉國軒的關係微妙，馮錫範利用這一關係，逐步排擠陳永華。同年五月，陳永華被解除職務，他所統領的兵馬全部轉交給劉國軒管轄。幾個月後，陳永華在抑鬱中去世。

撤回臺灣後，鄭軍並未立即遭到清軍的大規模攻擊。清廷認為水師尚未準備充分，加上臺海的惡劣天氣條件，暫時擱置了進攻臺灣的計劃。在此期間，劉國軒加強了水師的訓練，並嚴密佈防，同時也不時表現出對福建的野心。

1681年正月二十八日，鄭經去世，引發了關於繼承權的爭端。鄭經的長子鄭克臧被視為合法繼承人，他已經成年，並且擔任監國多年，各方面評價都很高。然而，馮錫範希望讓自己的女婿。年僅十二歲的鄭克塽繼位。馮錫範與劉國軒商議此事，起初劉國軒猶豫不決，但最終還是支援了馮錫範的主張。不久之後，馮錫範與鄭經的其他兒子以鄭克臧非嫡出之子的理由將其殺害，確立了鄭克塽為延平王。

五。澎湖兵敗

1682年，隨著清朝福建水師提督施琅提出專 徵 權 ，準備武力攻臺，臺灣局勢再度緊張起來。福建總督姚啟聖則傾向於透過招撫的方式來解決臺灣問題。面對即將到來的戰爭，劉國軒嘗試透過外交手段解決問題，他向清政府提議，臺灣可以仿照琉球。朝鮮那樣成為大清的屬國，只需稱臣進貢而不需剃髮。不登岸。然而，這一提議並未得到清廷的認可。

1683年五月，施琅率領清軍水師正式進兵臺灣。劉國軒深知雙方實力懸殊，但他仍然盡力佈防，寄希望於六月份臺灣海峽常見的颶風天氣能夠為鄭軍帶來優勢。然而，施琅熟悉水師作戰，對臺風季節有著充分的準備。

六月十四日，施琅率領清軍出兵澎湖，劉國軒指揮鄭軍迎戰。十六日，兩軍在海上交戰。然而，直到二十二日，海面風平浪靜，鄭軍在海戰中處於劣勢，最終大敗。劉國軒無奈之下只好率殘部退回臺灣。

施琅佔領澎湖後，為了儘快結束戰事，從投降的鄭軍將領中挑選出劉國軒的親信，派遣他們前往臺灣勸說劉國軒投降，並承諾給予高官厚祿。經過此次慘敗，劉國軒已經失去了繼續戰鬥的決心。此時，臺灣島上人心惶惶，部分人甚至打算趁亂作亂。劉國軒一方面敦促鄭克塽和馮錫範等人儘快作出決定，另一方面積極維持島內的社會穩定，並阻止了一些將領打算逃往呂宋（今菲律賓）的圖謀。

六。仕清生涯

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