清軍得手後並未打算長期駐守廈門，而是迅速撤離，滿載戰利品返回內陸。此時，鄭鴻逵率軍趕來支援廈門，正好在海面遭遇返航的馬得功部隊。但由於馬得功威脅要傷害鄭鴻逵的母親和兄長（鄭芝龍），鄭鴻逵被迫放走了馬得功。

不久，鄭成功在廣東得知廈門被襲的訊息。原本他想繼續南下勤王，但因士兵思歸心切，最終決定返回廈門。收復廈門後，鄭成功追究責任，將膽怯逃亡的叔父鄭芝莞斬首示眾，而鄭鴻逵則主動交出兵權，退隱東石鎮白沙，不再過問政事。

同年五月，鄭鴻逵麾下的大將施琅因叛變事洩而擅自處決了鄭成功部將曾德。鄭成功以此為由想要誅殺施琅全家。施琅在友人的幫助下逃脫，但他的父親和弟弟都被處決。自此，施琅與鄭成功結下了不解之仇，決定重新降清。

六。相持局面

1651年（清順治八年，永曆五年）下半年，鄭成功在閩南地區發動了一系列軍事行動，逐漸鞏固了自己在這一區域的地位。在小盈嶺。海澄等地，鄭軍取得了磁灶戰役。錢山戰役和小盈嶺戰役的勝利，收復了平和。漳浦。詔安。南靖等地。隨著這些勝利的到來，鄭軍的聲勢日益高漲，包括定西侯張名振在內的多位將領前來投靠。

1652年（清順治九年，永曆六年）正月，鄭成功在海澄地區取得了另一項重要進展，清軍海澄守將赫文興投降。二月，鄭軍開始進攻長泰縣。面對鄭軍的攻勢，清朝派遣陳錦率領大軍前來救援。兩軍在江東橋展開了一場激烈的戰鬥。鄭成功憑藉對閩南地形的熟悉，在江東橋附近佈設了大量伏兵，最終大敗陳錦，殲滅了大部分清軍，取得了江東橋戰役的勝利，並隨即攻克了長泰縣。

攻克長泰之後，鄭成功集結大軍進攻漳州府城，將之重重包圍。同年四月，為了緩解漳州的壓力，清軍決定從海上進攻廈門，企圖迫使鄭成功回師救援。為此，清軍集結了百艘船艦，向廈門發起進攻。鄭成功派遣陳輝。周瑞等將領率領百餘艘戰艦迎擊，雙方在崇武海域爆發了激烈的海戰。鄭軍在這場海戰中大獲全勝，從而確保了對漳州府城的持續圍攻。

漳州府城的守軍表現出了頑強的抵抗，使得鄭軍的圍攻持續了超過半年的時間。長時間的圍困導致城內水糧枯竭，士卒和平民飢餓致死的情況層出不窮。史料記載，城中出現了極其悲慘的情景，軍民互相爭奪食物，甚至出現了人吃人的極端情況。

同年九月，清軍將領固山額真金礪率領大軍抵達福建，並進入泉州府。面對強敵，鄭成功下令解除對漳州的圍困，以便集中力量對抗金礪。鄭成功將部隊部署在漳州龍溪古縣，意圖複製先前擊敗陳錦的方式，使用伏兵戰術對付金礪。然而，金礪的軍隊識破了鄭軍的計謀，兩軍展開了一場混戰。在這場戰鬥中，鄭軍損失慘重，多名將領陣亡，最終不得不撤退以確保海澄和廈門的安全。清軍乘勝追擊，收復了南靖。漳浦。平和。詔安四縣。

1653年（清順治十年，永曆七年）四月，金礪再次進犯海澄。在激烈的戰鬥中，鄭軍遭受了重大損失，許多部將犧牲。面對嚴峻的形勢，鄭成功親自上陣鼓舞士氣，甚至險些遭到清軍炮火的直接打擊。五月，鄭成功發現清軍的火藥和糧食供應出現問題，於是設計誘敵深入，待清軍大舉渡河之際，發動火攻，大破金礪的軍隊，取得了海澄戰役的勝利。這場勝利不僅保住了海澄的安全，也使得金礪被清廷召回京城，雙方再度進入了相持的局面。

七。力拒清廷

1653年（清順治十年，永曆七年）五月，鄭成功在海澄戰役中大敗清軍將領金礪之後，雙方進入了短暫的相持階段。同年八月，雙方在泉州府安平報恩寺內進行了一次議和，鄭軍得以暫時休兵，籌備糧餉，整頓軍備。然而，清廷並未放棄招降鄭成功的努力。同年十一月，順治帝再次敕封鄭成功為“海澄公”，並承諾給予泉州府之地安置兵將，但鄭成功仍舊拒絕接受。

1654年（清順治十一年，永曆八年），鄭成功繼續堅持抗清。這一年，定西侯張名振見清軍主力集中在福建，認為江浙等地的防務空虛，於是請求鄭成功派兵北上。張名振率領百艘戰艦北上，圖取江南地區，一度攻至金山寺，威脅南京城。然而，由於後援接濟不及，最終不得不回師。同年的二月，清廷再次派遣使者與鄭成功議和，提出給予興化。泉州。漳州。潮州四府地方的條件，但鄭成功以“兵馬繁多，非數省不足安插”為由，再次拒絕了清廷的提議。同年八月，清廷再次派遣使者進行談判，鄭成功的親弟弟鄭渡。鄭蔭也在使者之列。鄭成功認為清廷並無誠意，表示“我一日未受詔，父一日在朝榮耀”，又一次拒絕了清朝的條件，堅持抗清。

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