鄭貴妃，出於對福王往事的擔憂，試圖透過贈送珠寶與侍姬來討好新帝，其中李氏尤其得寵。鄭貴妃進而請求冊封李氏為皇后，李氏亦為鄭貴妃求封太后，這一系列舉動在宮廷內外引發軒然大波。光宗皇帝於九月初六日已感不適，至八日病情加重，此時方從哲被皇帝命令冊封鄭貴妃為皇太后。然而，侍郎孫如遊的激烈反對最終阻止了這一封號的實現。

隨著光宗病情的惡化，關於宦官崔文升進獻瀉藥導致皇帝健康急劇下降的傳言在京城中流傳開來。給 事 中楊漣率先彈劾崔文升，並將矛頭指向方從哲，暗示其在事件中負有責任。在眾臣的壓力下，方從哲不得不採取行動，他向光宗進言慎用藥石，但皇帝的病情並未因此好轉。

九月十九日，新任內閣大臣劉一燝與韓爌上任，此時光宗的病情已十分危急。兩天後，光宗召見方從哲。劉一燝。韓爌及其他重要官員，皇帝已無法正常進食，但仍堅持下旨冊封李選侍為皇貴妃。在九月二十五日的再次召見中，光宗表達了對皇長子的期望，希望諸臣輔佐其成為明君，並提及了自己的身後事。

就在這一天，鴻臚寺丞李可灼自稱擁有仙丹，向光宗進獻了所謂的“紅丸”。皇帝服用後，一度稱讚李可灼為“忠臣”。然而，紅丸並未挽救光宗的生命，九月二十六日，光宗駕崩，留下了宮廷內外一片混亂。

方從哲在光宗逝世後草擬的遺詔中，竟對李可灼給予獎賞，此舉引發了朝野的極大憤慨。在李選侍佔據乾清宮的緊張局勢下，方從哲並未採取果斷措施，而是選擇妥協，這進一步削弱了他在朝臣中的威信。

五。移宮大案

光宗朱常洛登基後，原本 侍 候 神宗病體的鄭貴妃並未 即 時 遷居，這引起了朝臣的不滿。尚書周嘉謨責備了鄭貴妃的從子鄭養性，最終迫使鄭貴妃從乾清宮遷出，移居至慈寧宮。慈寧宮作為皇貴妃的住所，雖非皇太后專屬，但此舉已表明鄭貴妃地位的微妙變化。

然而，光宗逝世後，李選侍卻佔據了乾清宮，這引起了更大的爭議。李選侍曾試圖獲得皇后之位，其野心昭然若揭。給事中楊漣和御史左光斗等正直派官吏認為，李選侍不應繼續居住於乾清宮，以免干涉新皇朝政。他們堅決要求李選侍遷居，但此事爭辯數日未能決斷。方從哲等大臣起初試圖緩和處理，但在新皇帝登基前夕，劉一燝。韓爌等重臣聯合奏請，最終迫使李選侍移出乾清宮，改居噦鸞宮。

六。遭人彈劾

方從哲在明光宗逝世後，因紅丸案中的行為遭到了朝中眾多官員的嚴厲指責。御史王安舜首先發難，彈劾方從哲輕率推薦精神異常的醫生，並在事後給予獎賞，意圖掩蓋自己的責任。方從哲在回應中草擬太子的指令，僅處罰李可灼一年俸祿，這一處理方式並未滿足朝中對李可灼的懲罰預期。

御史鄭宗周隨後跟進，要求將崔文升交予司法部門處理，而方從哲則擬令由司禮監進行調查，這一舉措同樣未能平息朝中對崔文升的憤怒。隨著御史郭如楚。馮三元。焦源溥，給事中魏應嘉，太常卿曹王光，光祿少卿高攀龍，主事呂維祺等官員相繼上奏，指責李可灼的罪行應當嚴懲，而方從哲卻予以庇護，嚴重違背了國家法律。

給事 中惠世揚更是直接列舉了方從哲的十條罪狀和三條可殺的理由，指控方從哲獨攬大權七年，阻礙賢才，危害國家；在光宗去世時處理事務不當；在梃擊案中包庇奸黨；任意破壞詔書；縱容兒子犯罪；壓制言官；縱容 撫 臣失職；指揮軍隊作戰失利；欺騙皇帝，使輔臣蒙羞；以及代徵專賣稅，侵害國家和百姓利益。此外，惠世揚還指出方從哲在處理鄭貴妃請求封后一事上態度模糊；在李選侍凌辱聖母，導致聖母飲恨而死的問題上，方從哲收受賄賂，想封李選侍為貴妃；以及在崔文升用洩藥傷害先帝和李可灼進獻毒藥後，方從哲不僅未加懲罰，反而擬作賞賜。

這些彈劾奏疏上達 天 聽 ，皇帝雖然責備惠世揚的言辭過於激烈，但面對方從哲的多次請辭，始終採取了安撫和挽留的態度。即便在張潑。袁化中。王允成等人繼續彈劾方從哲的情況下，皇帝仍舊置若罔聞。直到當年冬天，給事中程注再度彈劾方從哲，方從哲感到形勢不容樂觀，遂極力請求離職，連續六次上奏請辭。

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