除此之外，陳瑜還以「提升操控效率與駕駛員安全保障」為由，對三號機的部分內部系統進行了「最佳化」。
這其中，自然包括他對那套傀儡系統深入研究與隱蔽修改。
在官方記錄中，這是對系統穩定性的增強和冗餘備份的完善。
而實際上，陳瑜依據其徹底解析的底層邏輯，植入了一系列極其隱蔽的控制協議與優先順序覆蓋指令。
他確保了自己在必要時，擁有對該系統的最終否決權與控制權，使其從可能威脅駕駛員的枷鎖，轉變為一件潛在的工具。
或者說，在陳瑜真的需要的時候，三號機依舊是一具傀儡，只不過是他手中的提線傀儡。
能源系統方面，他也提出了一些「理論驗證性」的調整，旨在提升三號機在脫離外部供電後的內部能源利用效率，雖然幅度有限，但確是在為未來可能需要的完全獨立運作進行技術鋪墊。
隨著一項項改造措施的落實，白色的三號機靜靜地矗立在專屬格納庫內，其內在已與修復之初大不相同。
它不再僅僅是一臺NERV制式的EVA，而是逐漸演變為陳瑜技術理念的試驗平臺和專屬武裝。
在NERV的記錄中，這是三號機的一次深度現代化改裝。
而在陳瑜的規劃裡，這是他在這個世界，真正意義上掌握的第一臺。能夠在一定程度上響應其意志的終極兵器實體。
當陳瑜將重新設計的三號機塗裝效果圖展示給明日香時，她起初是有些怔住的。
效果圖上，那臺原本色調深沉的機體被大面積的白色所覆蓋，輔以凌厲而充滿力量的紅色條紋，整體氣質與她熟悉的二號機截然不同，更帶著一種冷冽而精準的科技感。
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