慕容德的哥哥北海王慕容納有一個兒子叫慕容超，後來慕容垂趁苻堅淝水兵敗時造反，苻堅一怒之下，殺掉了慕容納和慕容德的所有兒子。而慕容納的老婆段氏正在懷孕期間，號稱史上最賢的秦王苻堅一時心軟，便留段氏不殺，後來慕容納的老孃公孫氏帶著段氏逃向關中，生下了慕容超。慕容超十歲的時候，祖母公孫氏將死，死前將慕容德曾經留下的一柄金刀交給慕容超，告訴孫子：“此刀是汝叔所留，日後有幸東歸，可執此刀見汝叔。”後來西邊軍閥混戰，慕容超在亂中逃到了長安。

晉安帝隆安二年（398年），孫泰見王恭舉兵對抗朝廷，有感晉朝國祚將傾，於是打算作亂。會稽內史謝輶揭發孫泰造反的陰謀，孫泰遭司馬道子誅殺。孫恩此時逃入海島（或為今舟山群島）。孫泰餘眾當時認為孫泰是“蟬蛻登仙”，到海島中支援孫恩，孫恩於是聚集了百多人，伺機復仇。

隆安三年（399年），司馬元顯因司馬道子有疾兼每天酒醉，知朝望已失，於是暗示朝廷解授司徒及揚州刺史，更由司馬元顯自任揚州刺史。司馬道子酒醒後才知道，雖然大怒，但不能做什麼。後司馬元顯加錄尚書事，當時人以司馬道子為東錄；司馬元顯為西錄。不過司馬道子仍然酗酒，大小政事都由司馬元顯掌握，故此當時司馬元顯的西府有很多人拜訪，而東府則門可羅雀。

隆安三年（399年），東晉執政者司馬元顯（司馬道子之子）徵調因三吳門閥免除官奴身份成為佃客的廣大民眾，進入建康（今江蘇省南京市）以充實兵員，稱作“樂屬”。此舉激起當地門閥的憤怒不滿；孫恩趁著人心不穩，率眾乘機進攻上虞（今浙江上虞）並殺上虞縣令，隨後攻克會稽（今浙江紹興），會稽內史王凝之被殺，孫恩部眾增至數萬人。當時會稽郡、吳郡、吳興郡、義興郡、臨海郡、永嘉郡、東陽郡及新安郡皆有人響應孫恩叛變，三吳八郡於是一時皆叛，孫恩部眾亦增至數十萬人。

當時郡縣官員大多不是被殺就是棄郡逃亡，孫恩於是據守會稽，自號徵東將軍，為其黨眾改了個稱號為“長生人”，並宣令誅殺異己，連嬰孩也不放過，於是大量人死亡。

朝廷內外戒嚴，遣徐州刺史謝琰與鎮北將軍劉牢之前往鎮壓，孫恩在得八郡響應下原打算攻陷建康推翻東晉，知道劉牢之兵臨錢塘江時就打算割據會稽，以錢塘江與東晉分庭抗禮；不久劉牢之渡江，孫恩被逼率其所虜略的二十多萬民眾撤回海島。當時孫恩在逃走時故意沿途留下擄劫得來的財寶器物以及年輕男女，爭取劉牢之追軍爭相搶奪的時間以便逃亡。

後涼的龍飛四年，中國東晉隆安三年，（西元399年），後涼王呂光患病，後因病逝沉重，於當年十二月（400年年初）冊立太子呂紹為天王，自稱太上皇帝。他自感“開基既難，守成不易”，臨終之時交代呂紹以庶兄呂纂、呂弘分掌軍政大權，並囑咐他們要兄弟和睦以共同應對當時國家“外有強寇，人心未寧”的困難局勢。隨後，呂光病逝，終年六十三歲。

呂紹秘不發喪，因畏懼呂纂之勢，欲讓位於呂纂。但呂纂卻聯合呂弘發動政變，逼死呂紹，自立為大涼天王。他將呂光葬於高陵，上廟號太祖，追諡為懿武皇帝。

隆安四年（400年）五月，孫恩率部眾攻浹口（今鎮海口），入餘姚，破上虞，抵山陰縣北之邢浦，被謝琰參軍劉宣之擊退後不久再度進軍邢浦，並逼近會稽，守城的謝琰出戰但戰死。孫恩及後轉攻臨海。謝琰戰死令朝廷大驚，派了桓不才、孫無終和高雅之領兵鎮壓。十一月，孫恩在餘姚大敗高雅之，但劉牢之及後卻擊敗孫恩，孫恩再度逃入海島。

隆安五年（401年）二月，孫恩率眾第三次登陸，又攻浹口，進攻句章，但不能攻下並受劉牢之進擊，於是撤回海島。三月，孫恩第四度登陸，轉攻海鹽，但白天攻城遭劉裕擊退，夜間試圖進攻又被劉裕設計擊敗，孫恩於是轉攻吳國內史袁山松守的滬瀆。五月孫恩攻滬瀆並殺袁山松，又從海路進至京口（今鎮江），圖取東晉京師建康，劉裕追孫恩至丹徒，以少勝多，大量孫恩部眾墮海或墮崖，令孫恩狼狽登船逃走。不過孫恩仍自恃人多，不久就重整兵力再進建康，司馬元顯率兵拒戰亦屢戰不利。孫恩漸漸逼近，不過此時朝廷已經陳兵待戰，豫州刺史司馬尚之亦入援建康，孫恩趁虛掩襲建康的圖謀失敗，於是至新洲後就撤退，北走鬱州。孫恩在鬱州曾擊敗來攻的高雅之並俘虜他，但及後劉裕來討，多場戰事後孫恩大敗，實力銳減，於是沿海南逃。南逃期間劉裕仍然一直追擊，於是在滬瀆又大敗孫恩，孫恩於是在浹口再逃入海中。

第二年，晉朝廷改年號元興，元興元年（402年），司馬元顯討伐桓玄，司馬道子獲授侍中、太傅，並將驃騎將軍府中幕僚都移到太傅府。不過桓玄順江南下抵抗，擊敗了司馬尚之，劉牢之又背叛了司馬元顯，令司馬元顯兵眾潰敗。司馬元顯隨後問計於司馬道子，但司馬道子唯有對其哭泣。桓玄隨後掌握朝政，殺司馬元顯及其黨羽，又流放司馬道子到安成郡。

元興元年（402年）三月，桓玄消滅司馬道子父子的勢力，執掌朝政，孫恩乘時再度來攻，但進攻臨海郡時被太守辛昺擊敗，孫恩屢次來侵所擄掠的三吳士民經上年大敗給劉裕和此戰後，至此死亡殆盡，僅餘數千人。孫恩害怕被朝廷俘獲，於是投海自盡，數百名他的妓妾和信奉他的部眾皆隨之而死，孫恩更被其信眾稱為“水仙”。孫恩死後，其妹夫盧循率領餘眾堅持鬥爭。

同年十二月庚申日，守衛司馬道子的御史杜竹林因桓玄的指示以毒酒殺死司馬道子，享年三十九歲。晉安帝聞訊在西堂為其哭喪三日。