這階段，天王洪秀全、東王楊秀清進入南京城之後，又先後納了不少妃子。
這時候，軍政大權被架空的洪秀全，醉心於享樂，在後宮確立“正月宮 + 87 位副月宮”的模式，先後封了88個妃子，此外，洪秀全還不允許後宮有男性存在，由1200多名女官負責伺候他，其生活窮奢極欲。
而東王楊秀清在廣西永安建制之時，便有11名妻妾，進了南京城，又將被俘清廷官宦人家女子和民間，遴選了5名絕色美女，充實他的東王府。
上行下效，太平軍將領們紛紛娶了不少妻妾，佔據更多配偶和財富等特權，成為激勵太平軍將領的方式。
另一方面，這群農民和小地主出身太平天國領導集團卻對普通百姓為所欲為，實行男女分館制度，為便於管理和軍事動員，天京城內實行男女分營居住，男性入男營、女性入女館，女性可參與守城、勞作，禁止男女私自接觸，甚至夫妻也不能同居。
關於這個制度的訊息，傳到漢廷之時，漢王劉驍源在內閣會議的時候，首言不諱地講：“此乃有違人倫之道，簡首是愚昧無知之表現，從中可以看出太平軍的領導者們自私和無知！”
此外，太平天國以拜上帝教為唯一宗教，在其佔領區搗毀孔廟、關帝廟、佛寺、道觀等傳統宗教建築，焚燒儒家經典、史書，禁止民間祭祀傳統神祇，同時推行拜上帝教的宗教儀式，要求民眾每日祈禱，加入太平軍者需受洗入教，用宗教麻痺百姓。
為實踐均田平富的口號，洪秀全、楊秀清先後下令籌劃制定《天朝田畝制度》，試圖將土地按產量分為九等，按人口平均分配，規定 “無處不均勻，無人不飽暖”，實行產品平均分配，收穫的糧食、布帛除自用外，全部上繳 “聖庫”，由國家統一分配。
但是由於這個政策根本無法實行，太平天國為了籌集軍費決定沿用清朝的田賦制度，按土地畝數徵收賦稅，由地方鄉官負責徵收。表面上，太平軍廢除了清廷的苛捐雜稅，但是事實上為了應付頻繁的戰鬥，太平軍徵收的田賦比清廷只高不低，農民不僅沒有獲得土地，反而增加了負擔。
這一系列政策使得太平軍轄區裡面不少讀書人，甚至普通百姓，表面迫於太平軍武力壓力，屈從他們的統治，但是內心裡面還是希望有招一日能夠推翻這個己經跟清廷在本質上沒有什麼區別的割據政權。
如果說在金田起義的時候，太平軍還是代表著勞苦大眾，但是定都南京之後，太平天國就成為洪秀全等領導階級享樂的工具罷了。
這個政權應該說試圖將自己變成為改朝換代的工具，不過最終卻失敗，因為太平天國在某些方面某些領域甚至比清廷還腐朽。
它們用拜上帝教這樣粗製濫造的宗教和“均田平富”的大餅，蠱惑深受清廷壓榨的百姓們，又用“聖庫制度”來剝奪這些百姓最後一點財富，供將領享受，最後還貪戀地霸佔異性，甚至生理上無法完成，也要強制分開平民男女。
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司馬王，互相揮刀。
北方的蠻子，有肉吃飽了。
這個家庭嚇壞了膽子，都逃到了南方。
人們餓瘋了心，什麼都在鍋里煮。
戰場上的英雄拚命拼搏，宮殿里的貴族尋找樂趣。
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唐禹：“我只想保護自己，圖個自由逍遙。”
只是，這個荒誕的亂世逃不掉，只能提刀，只能化身火，把一切都燒掉。
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女帝：“……”
女帝：“眼下兩軍交戰，我軍卻爆發瘟疫，人心渙散，有何良計？”
高陽：“我有一計，可用軍中投石機，將沾染瘟疫的屍體，投入敵軍陣營，亦或是將多餘的屍體放入敵軍上游的水源之中！”
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